YbxF, a protein associated with exponential-phase ribosomes in Bacillus subtilis

0083666 - ÚMG 2007 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sojka, Luděk - Fučík, Vladimír - Krásný, Libor - Barvík, I. - Jonák, Jiří
YbxF, a protein associated with exponential-phase ribosomes in Bacillus subtilis.
[YbxF, protein vázaný na ribosomy v exponenciální fázi růstu Bacillus subtilis.]
Journal of Bacteriology. Roč. 189, č. 13 (2007), s. 4809-4814. ISSN 0021-9193. E-ISSN 1098-5530
Grant CEP: GA AV ČR IAA5052206
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520514
Klíčová slova: ybxF * ymxC * ribosomes * Bacillus subtilis * GFP * growth phase
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 4.013, rok: 2007

The ybxF gene is a member of the streptomycin operon in a wide range of gram-positive bacteria. In Bacillus subtilis, it codes for a small basic protein (82 amino acids, pI 9.51) of unknown function. We demonstrate that, in B. subtilis, YbxF localizes to the ribosome, primarily to the 50S subunit, with dependence on growth phase. Based on three-dimensional structures of YbxF generated by homology modeling, we identified helix 2 as important for the interaction with the ribosome. Subsequent mutational analysis of helix 2 revealed Lys24 as crucial for the interaction. Neither the B. subtilis ybxF gene nor its paralogue, the ymxC gene, is essential, as shown by probing DeltaybxF, DeltaymxC, or DeltaybxF DeltaymxC double deletion strains in several functional assays.

Gen ybxF je členem streptomycinového operonu mnoha grampozitivních bakterií. V Bacillus subtilis kóduje malý bazický protein (82 aminokyselin, pI 9,51) o neznámé funkci. Prokázali jsme, že v B. subtilis se YbxF váže na ribosomy, primárně na jejich 50S podjednotku a to v závislosti na růstové fázi bakterií. Ribosomy isolované z bakterií rostoucích v logaritmické fázi růstu nesou YbxF protein, naopak ribosomy isolované z bakterií ze stacionární fáze růstu YbxF neobsahují. Na základě trojrozměrných struktur YbxF generovaných homologním modelováním jsme identifikovali helix 2 jako důležitý prvek proteinu pro jeho interakci s ribosomem. Následná mutační analýza helixu 2 identifikovala Lys24 jako aminokyselinový zbytek zcela kritický pro tuto interakci. Ani gen ybxF, ani jeho paralog, gen ymxC se nezdají být pro B. subtilis nepostradatelné, jak vyplývá z řady funkčních testů provedených s kmeny B. subtilis s ΔybxF nebo s ΔymxC a s kmeny s dvojnou delecí ΔybxF ΔymxC.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0146827