Volume reconstruction of large biological tissue specimens

0080622 - FGÚ 2007 RIV CZ eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Čapek, Martin - Janáček, Jiří - Kubínová, Lucie - Smrčka, P. - Hána, K.
Volume reconstruction of large biological tissue specimens.
[Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků.]
Advanced Engineering Design AED 2006. Praha: ČVUT, 2006, P8.08-1-P8.08-6. ISBN 80-86059-44-8.
[International Conference on Advanced Engineering Design /5./. Praha (CZ), 11.06.2006-14.06.2006]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06063; GA AV ČR(CZ) IAA100110502; GA AV ČR(CZ) IAA500200510; GA ČR(CZ) GA304/05/0153
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50110509
Klíčová slova: confocal microscopy * volume reconstruction * volume visualization
Kód oboru RIV: JC - Počítačový hardware a software

Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice (mosaicking). The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney

Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímají všechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0144743