Alternative primer sets for PCR detection of genotypes involved in bacterial aerobic BTEX degradation: Distribution of the genes in BTEX degrading isolates and in subsurface soils of a BTEX contaminated industrial site

0039420 - MBÚ 2007 RIV SIGLE NL eng J - Článek v odborném periodiku
Hendrickx, B. - Junca, H. - Vosáhlová, Jolana - Lindner, A. - Rüegg, I. - Bucheli-Vitschel, M. - Faber, F. - Egli, F. - Mau, M. - Schlömann, M. - Brennerová, Mária - Brenner, Vladimír - Pieper, D. H. - Top, E.M. - Dejonghe, W. - Bastiaens, L. - Springael, D.
Alternative primer sets for PCR detection of genotypes involved in bacterial aerobic BTEX degradation: Distribution of the genes in BTEX degrading isolates and in subsurface soils of a BTEX contaminated industrial site.
[Alternativní soubor oligonukleotidů pro PCR-detekci genotypů účastnících se bakteriální aerobní degradace BTEX: Distribuce genů v izolátech degradujících BTEX a v podpovrchových půdách v průmyslovém místě kontaminovaném BTEX.]
Journal of Microbiological Methods. Roč. 64, - (2006), s. 250-265. ISSN 0167-7012. E-ISSN 1872-8359
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50200510
Klíčová slova: pcr detection * aerobic btex biodegradation * catabolic gene distribution
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 2.442, rok: 2006

Eight new primer sets were designed for PCR detection of (i) mono-oxygenase and dioxygenase gene sequences involved in initial attack of bacterial aerobic BTEX degradation and of (ii) catechol 2,3-dioxygenase gene sequences responsible for metacleavage of the aromatic ring. The new primer sets allowed detection of the corresponding genotypes in soil with a detection limit of 103–104 or 105–106 gene copies per 1 g soil, assuming one copy of the gene per cell. The primer sets were used in PCR to assess the distribution of the catabolic genes in BTEX degrading bacterial strains and DNA extracts from soils

Bylo navrženo osm nových souborů oligonukleotidů pro PCR-detekci (i) sekvencí genů pro monooxygenasy a dioxygenasy účastnící se počátečních reakcí bakteriální aerobní degradace BTEX a (ii) sekvencí genů pro katechol -2,3-dioxygenasy zodpovědných za štěpení aromatického kruhu v meta-poloze. Nový soubor oligonukleotidů umožňuje detekci příslušných genotypů v půdě s limitem 103-104 nebo 105-106 kopií genu na 1 g půdy za předpokladu jedné kopie genu v buňce. Soubory oligonukleotidů byly použity při PCR pro stanovení distribuce katabolických genů v bakteriálních kmenech degradujících BTEX a v extraktech DNA z půdy
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0133519