RNA Kink-turns as flexible molecular elbows relevant to ribosome function

0029357 - BFÚ 2006 CZ eng A - Abstrakt
Rázga, Filip - Zacharias, Martin - Réblová, Kamila - Koča, Jaroslav - Šponer, Jiří
RNA Kink-turns as flexible molecular elbows relevant to ribosome function.
[RNA Kink-turn motivy jako flexibilní molekulární klouby důležité pro funkci ribozómu.]
Abstracts. Brno, 2005. s. 17.
[Konference mladých vědeckých pracovníků "Strukturní biofyzika makromolekul". 16.12.2005]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GD204/03/H016
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: RNA Kink turn * RNA flexibility * ribosome function
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika

Explicit-solvent Molecular Dynamics (MD) simulations were carried out for three K-turns (Kt) from 23S rRNA, i.e., Kt-38 located at the A-site finger base, Kt-42 located at the L7/L12 stalk base, and Kt-58 located in Domain III and for K-turn of human U4 snRNA. The presence of K-turns at key functional sites in the ribosome (e.g., A-site finger and L7/L12 stalk) suggests that some K-turns can confer flexibility on RNA protuberances that regulate the traversal of tRNAs during translocation. MD simulations demonstrated that the K-turns can act as flexible molecular elbows.

Explicit-solvent Molekulární Dynamika (MD) byla počítána na třech K-turnech z 23S rRNA (Kt-38 nacházejících se při části A-site finger, Kt-42 při L7/L12 stalk a Kt-58 v Doméně III) a na jednom K-turnu z U4 snRNA. Přítomnost K-turnů na klíčových funkčních místech ribozómu (A-site finger, L7/L12 stalk) naznačuje, že některé K-turny mohou dodat flexibilitu RNA částím, které regulují přechod tRNA během translokace. MD simulace ukázaly, že K-turny mohou mít funkci flexibilních molekulárních kloubů.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0119211