Hinge-like motions in RNA Kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases

0021193 - BFÚ 2006 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Rázga, Filip - Koča, Jaroslav - Šponer, Jiří - Leontis, Neocles B.
Hinge-like motions in RNA Kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases.
[Kloubové pohyby RNA Kink-turnů: Úloha druhého A-minor motivu a formálně nespárovaných nukleotidů.]
Biophysical Journal. Roč. 88, č. 5 (2005), s. 3466-3485. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA203/05/0009
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: large ribosomal sub-unit * molecular dynamics * RNA flexibility
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.507, rok: 2005

In this study, the explicit solvent Molecular Dynamics (MD) study on selected RNA K-turns was carried out. The MD simulations reveal the hinge-like K-turns motions on nanosecond time-scale. Crucial role in the K-turns flexibility play: the second A-minor interaction and motion of nominally unpaired bases, which directly regulate the large-scale motions of adjacent RNA helices. We suggest that K-turns are flexible ribosomal motifs mediating the large-scale ribosomal motions during protein synthesis cycle.

V této práci jsme molekulovou dynamikou s použitím explicitního solventu studovali vybrané RNA Kink-turny. Simulace ukázaly kloubové pohyby těchto motivů na nanosekundové škále. Klíčovou úlohu při této flexibilite sehrávají: druhý A-minor motiv a formálně nespárované nukleotidy, které přímo řídí "velké" pohyby blízkých-přidružených RNA helixů. Naznačujeme, že K-turny jsou flexibilní ribozomální motivy umožňující "velké" ribozomální pohyby po dobu cyklu syntézy proteinů.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0110196