Pšenice – od genomu po rohlík

0330608 - ÚEB 2010 RIV CZ cze M - Monography Chapter
Janda, Jaroslav - Šafář, Jan - Kubaláková, Marie - Bartoš, Jan - Kovářová, Pavlína - Suchánková, Pavla - Pateyron, S. - Čihalíková, Jarmila - Sourdille, P. - Šimková, Hana - Faivre-Rampant, P. - Hřibová, Eva - Bernard, M. - Lukaszewski, A. - Doležel, Jaroslav - Chalhoub, B.
Nové zdroje rostlinné genomiky: chromozómová knihovna BAC klonů specifické pro krátké rameno chromozómu 1B pšenice.
[Novel resources for plant genomics: a BAC library specific for the short arm of wheat chromosome 1B.]
Pšenice – od genomu po rohlík. České Budějovice: Kurent, s.r.o, 2008 - (Hosnedl, V.; Doležel, J.; Chloupek, O.; Horčička, P.), s. 14-20. ISBN 978-80-87111-12-3
R&D Projects: GA ČR GD521/05/H013
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50380511
Keywords : wheat * genomics * physical mapping
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology

Pšenice setá (Triticum aestivum L., 2n = 6x = 42) je polyploidní rostlina, jejíž jaderný genom je složen ze tří homeologních genomů (A, B a D) a vyniká svou extrémní velikostí (1C ~ 17 000 Mb). Sekvenování takového genomu je proto velmi obtížné. V této práci představujeme nový přístup, založený na subgenomových chromozómově specifických knihovnách DNA s dlouhými inzerty. Pomocí průtokové cytometrie jsme vytřídili šest milionů kopií krátkého ramene chromozómu 1B (1BS) z ditelozómické pšeničné linie. Chromozómově specifická DNA byla použita ke konstrukci 1BS – specifické knihovny BAC klonů. Knihovna pokrývá rameno chromozómu 1BS celkem 14,5krát a existuje 99,9% pravděpodobnost, že v ní bude nalezen klon odpovídající jakékoli sekvenci z ramene chromozómu 1BS.

Bread wheat (Triticum aestivum L., 2n=6x=42) is a polyploid species possessing one of the largest genomes among the cultivated crops (1C~17,000 Mb). The presence of three homoeologous genomes (A, B and D) and prevalence of repetitive DNA make the wheat genome sequencing a daunting task. We have developed a novel ‘chromosome arm-based’ strategy for wheat genome sequencing that can simplify this task and which relies on subgenomic libraries of large DNA inserts. In this work, we constructed a chromosome arm-specific BAC library from flow-sorted chromosomes 1BS (using a double ditelosomic line of wheat). We estimated the chromosome arm coverage to be 14.5×, giving a 99.99% probability of identifying a clone corresponding to any sequence on the short arm of 1B. We envisage availability of chromosome arm-specific BAC resources in wheat that will greatly facilitate the development of ready-to-sequence physical maps and map-based cloning of agronomically important genes.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0176358