Počet záznamů: 1

Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations?

  1. 1.
    0338172 - BFU-R 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Svozil, D. - Hobza, Pavel - Šponer, Jiří
    Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations?.
    [Srovnání stacking energií deseti dinukleotidových stepů v A-RNA a B-DNA duplexes. Můžeme správně určit pořadí stability pomocí kvantově chemických výpočtů?.]
    Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 2 (2010), s. 1191-1203 ISSN 1520-6106
    Grant CEP: GA MŠk(CZ) LC512; GA MŠk(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
    Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
    Klíčová slova: molecular dynamics * quantum chemistry * base pair step
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 3.603, rok: 2010

    High level ab initio methods have been used to study stacking interactions in ten unique base pair steps both in A-RNA and in B-DNA duplexes. The protocol for selection of geometries based on molecular dynamics (MD) simulations is proposed, and its suitability is demonstrated by comparison with stacking in steps at fiber diffraction geometries.

    Ab initio metody byly použity ke studiu stacking interakcí v deseti stepech párů bází v A-RNA a B-DNA duplexech. Protokol pro výběr geometrií založený na molekulově dynamických simulacích byl navržen a jeho vhodnost byla ukázána srovnáním se stackingem stepů určených fiber-difrakcí.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0005697