Počet záznamů: 1

Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields

  1. 1.
    0329244 - BFU-R 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Sarzynska, J. - Koča, J. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Kulinski, T. - Šponer, Jiří
    Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields.
    [Jednořetězcové smyčky DNA kvadruplexů jako klíčový benchmark pro testování silových polí pro nukleové kyseliny.]
    Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 9 (2009), s. 2514-2530 ISSN 1549-9618
    Grant CEP: GA MŠk(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
    Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
    Klíčová slova: DNA quadruplex * MD simulation * force fields
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.804, rok: 2009

    We have carried out a set of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations on two DNA quadruplex (G-DNA) molecules. The main purpose of the paper was testing of the capability of the MD simulation technique to describe single-stranded topologies of G-DNA loops, which represent a very challenging task for computational methods.

    Provedli jsme sadu explicitních molekulově dynamických simulací na dvou molekulách DNA kvadruplexu (G-DNA). Hlavním cílem práce bylo testovat schopnost molekulově dynamických technik popsat jednořetězcové topologie G-DNA smyček, které reprezentují velmi náročnou úlohu pro počítačové metody.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0175333