Počet záznamů: 1

Effects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs

  1. 1.
    0328538 - BFU-R 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Yildirim, I. - Stern, H.A. - Šponer, Jiří - Špačková, Naďa - Turner, D.H.
    Effects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs.
    [Efekt omezeného sámplování a neplenárních aminoskupin na volnou energii predikcí pro RNA s imino a "sheared" hromadnými páry bází GA obklopenými páry GC, CT, iGiC nebo iCiG.]
    Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 8 (2009), s. 2088-2100 ISSN 1549-9618
    Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA MŠk(CZ) LC06030
    Grant ostatní:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
    Program:GA
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
    Klíčová slova: base pairs * NMR * amber force field
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.804, rok: 2009

    Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs.

    Guanino adeninové páry bází hrají důležitou roli při určení struktury, dynamiky a stability RNA. Předložené výpočty testují přístup termodynamické integrace se silovým polem amber99 srovnáním vypočtených předpovědí rozdílů volných energií s rozdíly volných energií očekávaných na základě struktur RNA motivů určených pomocí NMR.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0174831