Počet záznamů: 1

Balance of attraction and repulsion in nucleic-acid base stacking: CCSD(T)/complete-basis-set-limit calculations on uracil dimer and a comparison with the force-field description

  1. 1.
    0326978 - BFU-R 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Morgado, C.A. - Jurečka, P. - Svozil, Daniel - Hobza, Pavel - Šponer, Jiří
    Balance of attraction and repulsion in nucleic-acid base stacking: CCSD(T)/complete-basis-set-limit calculations on uracil dimer and a comparison with the force-field description.
    [Rovnováha přitahování a odpuzování při stackingu bází nukleových kyselin: CSSD(T)/kompletní-basis limit set výpočty dimerů uracilu a srovnání s popisem pomocí silového pole.]
    Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 6 (2009), s. 1524-1544 ISSN 1549-9618
    Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) IAA400550701; GA MŠk(CZ) LC06030
    Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
    Klíčová slova: quantum chemical calculations * nucleic acids * force field
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.804, rok: 2009

    We have carried out reference quantum-chemical calculations for about 100 geometries of the uracil dimer in stacked conformations. The calculations have been specifically aimed at geometries with unoptimized distances between the monomers. Apart form quantum-chemical calculations we have carried out calculations based molecular mechanics, as well.

    Provedli jsme referenční kvantově-chemické výpočty pro 100 geometrií dimerů uracilu v stacking konformacích. Výpočty byly provedeny na geometriích s neoptimalizovanými vzdálenostmi mezi monomery. Kromě kvantově-chemických výpočtů jsme provedli výpočty i pomocí molekulové mechaniky.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0173894