Search results
- 1.0502806 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Portál pro výběr bioaktivních sloučenin Probes & Drugs.
[Probes &Drugs portal: an interactive, open data resource for chemical biology.]
Internal code: Software-4 ; 2017
Technical parameters: Databáze obsahuje struktury a veřejná data vice než 30 000 sloučenin, případně informace s jakými dalšími látkami je možné danou sloučeninu nahradit. Samotný portál využívá data o těchto sloučeninách a různě je kombinuje podle požadavků uživatelů.Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. (https://www.probes-drugs.org
Economic parameters: Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. Tento webový portál výrazně usnadní práci s informacemi nejen vědcům, kteří se primárně zabývají chemickými sloučeninami a jejich účinkem na živé organismy.
R&D Projects: GA MŠMT LO1220
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : bioactive compounds * probes * drugs
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.probes-drugs.org
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0294692 - 2.0502803 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
MolSetinspector.
[MolSetinspector.]
Internal code: Software-3 ; 2015
Technical parameters: MolSetInspector (Molecular Sets Inspector) je Python knihovna umožňující zpracování jedné či více množin chemických látek. Na vstupu přijímá adresář obsahující jeden či více souborů (sdf, csv, smi nebo txt), které mohou obsahovat molekuly v různých chemických formátech (smiles, inchi nebo molfile). MolSetInspector automaticky zjistí konkrétní formát, načte všechny molekuly a zpracuje. Během zpracování je možné používat základní možnosti standardizace molekul či odstranění stereochemie. Jako výstup knihovna umožňuje výpis množiny unikátních molekul ze všech načtených společně s informací o jejich přítomnosti v dané množině. Dále je možné vypsat tabulku s průniky jednotlivých množin, duplicitní molekuly, molekuly, které se nepovedlo načíst, nebo použít jednu ze dvou možností selekce diverzní množiny molekul (na základě maximální podobnosti nebo maximálního počtu molekul). http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Economic parameters: Tato Python knihovna umožňuje zpracování jedné či více množin chemických látek.
R&D Projects: GA MŠMT LO1220
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Phyton * Molecular set * Hit table
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
http://openscreen.cz/software/molsetinspector
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0294689 - 3.0502797 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
Knime4HTS.
[Knime4HTS.]
Internal code: Software-2 ; 2015
Technical parameters: Knime4HTS je kombinace nových uzlů (nodes) a připravených postupů (workflows), která je vytvořena za účelem zpracování HTS dat prostřednictvím analytické platformy Knime. S použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. KNIME4HTS poskytuje funkcionalitu pro normalizaci dat, selekci hitů, zobrazení teplotních map HTS destiček a vytváření reportů. Připravené postupy jsou také schopny vizualizace rozsáhlé chemické knihovny ve formě 2D chemického prostoru na základě fyzikálně-chemických nebo strukturních vlastností látek. https://openscreen.cz/software/knime4hts/home/
Economic parameters: Použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu HTS dat.
R&D Projects: GA MŠMT LO1220
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Knime * HTS data * hit selection
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.knime.com/
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0294681 - 4.0502792 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
Oltová, Jana - Jindřich, Jindřich - Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Zebrabase.
[Zebrabase.]
Internal code: Software-1 ; 2017
Technical parameters: https://zebrabase.org/about
Economic parameters: Tato aplikace usnadňuje management rybích chovů.
R&D Projects: GA MŠMT LO1419
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : fish facility * tracking system * management
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://zebrabase.org/
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0294683 - 5.0488898 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel - Bartůněk, Petr
Chemspace.
Internal code: S-2017-3 ; 2017
Technical parameters: licence: https://opensource.org/licenses/MIT
Economic parameters: Open source - zvýšení kvality obyvatelstva
R&D Projects: GA MŠMT LM2015063
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : 2D chemical space * open source library * HTML5 canvas visualization
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://openscreen.cz/software/chemspace
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0283416 - 6.0488897 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
Probes & Drugs portal.
Internal code: S-2017-2 ; 2017
Technical parameters: licence: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
Economic parameters: Open source software - zvýšení kvality života obyvatelstva
R&D Projects: GA MŠMT LM2015063
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : bioactive compound * chemical probe * chemical biology * portal
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://www.probes-drugs.org
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0283415