Search results
- 1.0329244 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Journal Article
Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Sarzynska, J. - Koča, J. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Kulinski, T. - Šponer, Jiří
Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields.
[Jednořetězcové smyčky DNA kvadruplexů jako klíčový benchmark pro testování silových polí pro nukleové kyseliny.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 9 (2009), s. 2514-2530. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant - others:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : DNA quadruplex * MD simulation * force fields
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.804, year: 2009
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0175333 - 2.0310357 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Sarzynska, J. - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří - Kulinski, T.
Conformational transitions of flanking purines in HIV-1 RNA dimerization initiation site kissing complexes studied by charmm explicit solvent molecular dynamics.
[Konformační přechody volných bází v rNA "kissing" komplexech viru HIV-1 studované molekulově dynamickými simulacemi v explicitním solventu pomocí Charmmu.]
Biopolymers. Roč. 89, č. 9 (2008), s. 732-746. ISSN 0006-3525. E-ISSN 1097-0282
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : molecular dynamics * RNA * force field
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 2.823, year: 2008
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0162245 - 3.0093336 - BFÚ 2008 RIV US eng J - Journal Article
Réblová, Kamila - Fadrná, E. - Sarzynska, J. - Kulinski, T. - Kulhánek, P. - Ennifar, E. - Koča, J. - Šponer, Jiří
Conformations of flanking bases in HIV-1 RNA DIS kissing complexes studied by molecular dynamics.
[Konformace volných bází v HIV-1 RNA DIS kissing loop komplexech studovaných molekulovou dynamikou.]
Biophysical Journal. Roč. 93, č. 11 (2007), s. 3932-3949. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/05/0009; GA ČR(CZ) GA203/05/0388; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : molecular dynamics * RNA * virus
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.627, year: 2007
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0153404