Number of the records: 1
Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
- 1.
SYSNO ASEP 0352505 Document Type C - Proceedings Paper (int. conf.) R&D Document Type Conference Paper Title Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) Title Detection of microorganisms in soil and Miocene sediment using CARD-FISH method (Catalyzed Reporter Deposition – Fluorescence in situ Hybridization) Author(s) Dohnalová, Ludmila (BC-A)
Kasalický, Vojtěch (BC-A) RID, ORCID
Chroňáková, Alica (BC-A) RID, ORCID
Krištůfek, Václav (BC-A) RIDSource Title Mikrobiológia vody 2009, Zborník prednášok a posterov. - Bratislava : Československá spoločnosť mikrobiologická, 2009 - ISBN 978-80-970269-9-8 Pages s. 149-157 Number of pages 9 s. Action Mikrobiológia vody 2009 Event date 30.09.2009-02.10.2009 VEvent location Poprad Country SK - Slovakia Event type EUR Language cze - Czech Country SK - Slovakia Keywords detection of microorganisms ; soil sediment ; CARD-FISH method Subject RIV EH - Ecology, Behaviour R&D Projects LC06066 GA MŠMT - Ministry of Education, Youth and Sports (MEYS) IAA600660605 GA AV ČR - Academy of Sciences of the Czech Republic (AV ČR) GA206/09/1642 GA ČR - Czech Science Foundation (CSF) GA526/09/1570 GA ČR - Czech Science Foundation (CSF) CEZ AV0Z60660521 - UPB-H, BC-A (2005-2011) AV0Z60170517 - HBU-Z, BC-A (2005-2011) Annotation Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition – fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno zastoupení specifických skupin prokaryot (Domény: Archea a Bacteria, Kmeny: Actinobacteria a Firmicutes; methanotrofní bakterie I a II typu) ve dvou odlišných prostředích: v půdě podhorských pastvin (farma Borová, Česká republika) a v miocenním sedimentu (hnědouhelný lom, Sokolov, Česká republika). Výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). Metoda CARD-FISH se ukázala vhodnou pro detekci mikroorganismů v půdě podhorských pastvin. Avšak při detekci mikroorganismů v miocénním sedimentu se nepodařilo zoptimalizovat metodu tak, aby vysoký obsah jílových částic nebránil počítání DAPI obarvených buňek. Fluorescenční signál hybridizovaných buňek byl naopak zřetelný. Na optimalizaci metody se nadále pracuje. Description in English The CARD-FISH (catalyzed reporter deposition – fluorescence in situ hybridization) method together with total bacterial counts (DAPI), colony forming units (CFU) was used to determine the prokaryotic community composition in two different types of samples: upland pasture soil (farm Borová, Czech Republic) and Miocene sediment (Sokolov Brown Coal Basin, Czech Republic). The occurrence of Archaea, Bacteria and major bacterial group (Actinobacteria, Firmicutes) as well as some specific functional groups (type I methanotrophs, type II methanotrophs) were studied. CARD-FISH analysis used to detection of microorganisms in pasture soil was applicable without any problems. Miocene sediment negatively influenced signal intensities of DAPI-stained cells, but not hybridized ones. Strategies for overcoming this problem are developed. Workplace Biology Centre (since 2006) Contact Dana Hypšová, eje@eje.cz, Tel.: 387 775 214 Year of Publishing 2011
Number of the records: 1