Number of the records: 1
Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal
- 1.
SYSNO ASEP 0338930 Document Type L4 - Software R&D Document Type Software Title Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal Title Software Implementation of Compensation of Illumination Inhomogeneities of Microscopic Images, Using the Upper Lipschitz Cover Author(s) Michálek, Jan (FGU-C) RID
Čapek, Martin (FGU-C) RID, ORCID
Janáček, Jiří (FGU-C) RID, ORCID
Kubínová, Lucie (FGU-C) RID, ORCIDYear of issue 2009 Int.Code PlaneBrightnessAdjusting SResult web page, Location of the result Fyziologický ústav AVČR v. v. i. Technical parameters Programovací jazyk C++, vývojové prostředí MS Visual Studio 2008 Owner Name Fyziologický ústav AVČR v. v. i. Registration Number of the result owner 67985823 Use by another entity P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence License fee fee Z - Poskytovatel licence nepožaduje v některých případech licenční poplatek Language cze - Czech Country CZ - Czech Republic Keywords iIllumination inhomogeneities ; confocal microscope ; Lipschitz cover Subject RIV JC - Computer Hardware ; Software R&D Projects GA102/08/0691 GA ČR - Czech Science Foundation (CSF) LC06063 GA MŠMT - Ministry of Education, Youth and Sports (MEYS) CEZ AV0Z50110509 - FGU-C (2005-2011) Annotation Fluorescenční obrazy nasnímané konfokální laserovou rastrovací mikroskopií (CLSM) z různých hloubek biologického vzorku jsou často používány na 3D rekonstrukci biologického objemu.V ideálním případě, konfokální obrázek regionu odpovídající stejné koncentraci fluoreskujícího barviva ve vzorku by měl být mapován na stejné úrovně šedi. V praxi se bohužel ani ideálně homogenní vzorky, jako jsou kalibrační mřížky, nevyhnou ztmavnutí obrazu hran, jasovému zvýraznění centra atd. Účinky jsou ještě výraznější u obrazů reálných biologických vzorků. Naše řešení problému se opírá o odhad zisku prostorové proměnné, která modeluje nepříznivé účinky nerovnoměrného osvětlení a o opravu obrázku převrácením odhadu hodnoty zisku. Navrhovaný přístup využívá rychlou implementaci morfologické operace s názvem Lipschitzův horní obal. Odpovídající zásuvný programový modul byl implementován pro modulární balík software Ellipse Description in English Series of stacks of fluorescent images captured by a confocal laser scanning microscope (CLSM) from different depths of a biological specimen are often used, e.g., to produce 3D representation of the underlying biological volume. Ideally, CLSM image regions corresponding to the same concentration of fluorescent dye in the specimen should be mapped to the same greyscale levels. In practice, unfortunately, even ideally homogeneous specimens like artificial calibration grids exhibit darkening of image edges, lightening of the centre etc. Our solution to the problem relies on estimating a spatially variable gain which models the adverse effects of uneven illumination, and correcting images by inverting the estimated gain. The proposed approach exploits fast implementation of a morphological operation called the upper Lipschitz cover. A corresponding plug-in module was implemented for the modular Ellipse software package Workplace Institute of Physiology Contact Lucie Trajhanová, lucie.trajhanova@fgu.cas.cz, Tel.: 241 062 400 Year of Publishing 2010
Number of the records: 1