Number of the records: 1
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
- 1.
SYSNO ASEP 0330805 Document Type C - Proceedings Paper (int. conf.) R&D Document Type Conference Paper Title Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) Title Detection of microorganisms in the soil using CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ hybridization) Author(s) Krištůfek, Václav (BC-A) RID
Kasalický, Vojtěch (BC-A) RID, ORCID
Chroňáková, Alica (BC-A) RID, ORCID
Elhottová, Dana (BC-A) RID, ORCID
Němec, Jan (BC-A)Source Title Sborník příspěvků z mezinárodního semináře Život v půdě X. - České Budějovice : Ústav půdní biologie BC AV ČR, 2009 - ISBN 978-80-86525-16-7 Pages s. 92-102 Number of pages 11 s. Publication form CD-ROM - CD-ROM Action Život v půdě /10./ Event date 27.01.2009-28.01.2009 VEvent location České Budějovice Country CZ - Czech Republic Event type EUR Language cze - Czech Country CZ - Czech Republic Keywords cave ; bat guano ; fluorescence microscopy Subject RIV EH - Ecology, Behaviour R&D Projects LC06066 GA MŠMT - Ministry of Education, Youth and Sports (MEYS) GA206/08/0015 GA ČR - Czech Science Foundation (CSF) CEZ AV0Z60660521 - UPB-H, BC-A (2005-2011) AV0Z60170517 - HBU-Z, BC-A (2005-2011) Annotation Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, Planktomycetales, Verrucomicrobiales), archaea, actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, sfingobacteria. Description in English CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biology tool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (Planktomycetales, Verrucomicrobiales included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, Sphingobacteria). Workplace Biology Centre (since 2006) Contact Dana Hypšová, eje@eje.cz, Tel.: 387 775 214 Year of Publishing 2010
Number of the records: 1