Proteínové čipy pri štúdiu expresie cytokínov na nádorovom modele-optimalizácia prípravy vzoriek

0306603 - ÚŽFG 2008 RIV CZ slo J - Journal Article
Strnádel, Ján - Kverka, Miloslav - Reisnerová, H. - Hlučilová, Jana - Usvald, Dušan - Plánská, Daniela - Váňa, Petr - Jílek, F. - Vannucci, Luca - Horák, Vratislav
Proteínové čipy pri štúdiu expresie cytokínov na nádorovom modele-optimalizácia prípravy vzoriek.
[Protein chips in cytokine expression study on tumour model: optimalization of sample preparation.]
Chemické listy. Roč. 102, - (2008), s. 269-273. ISSN 0009-2770. E-ISSN 1213-7103
R&D Projects: GA ČR GA524/04/0102; GA ČR GD523/03/H076; GA ČR GD310/03/H147; GA AV ČR IAA600450601; GA AV ČR(CZ) IAA500200510
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50450515; CEZ:AV0Z50200510
Keywords : protein chips * cytokines
Subject RIV: FD - Oncology ; Hematology
Impact factor: 0.593, year: 2008

Cieľom tejto práce bolo prezentovať optimalizovaný protokol na šetrnú extrakciu cytokínov z nádorového tkaniva a úpravu vzoriek (nádorové lyzáty a séra) pred detekciou na proteínových čipoch typu „antibody array“. Protokol vznikol na základe skúseností z Laboratoře biologie nádorů ÚŽFG v Liběchove a v spolupráci s MBÚ AV ČR v Prahe. V práci uvádzame postup izolácie cytokínov z nádorov pomocou extrakcie z kryorezov. Táto metóda je síce časovo náročnejšia ako bežné postupy s homogenizátormi, na druhej strane však umožnuje šetrnejšie spracovanie vzorky, čo može mať vplyv na väčšiu výťažnosť cytokínov. Okrem toho je možné sériové rezy, pripravené z rovnakej oblasti nádoru, z akej sa pripravuje lyzát histologicky spracovať a konkrétne cytokíny a bunky, ktoré ich produkujú detekovať aj imunofluorescenčne značenými protilátkami. Táto metóda teda umožňuje komplexne a detailne študovať mikroprostredie nádoru (tumour microenviroment).

In this article, we presented data of protein matrix effect from sandwich ELISA that can affect also protein chip detection. It resulted of importance to titrate the optimal dilution according each type of sample to prevent pitfalls due to non-optimal signal-to-noise ratio. This can allow also recovery of low quantity cytokines from difficult samples. We reported here optimalized procedures for extraction, sample handling, inhibition of endogenous peroxidases activity and protein matrix effect prevention in serum and tumour lysates samples for cytokine antibody array protein chip detection of cytokine expression.

Cílem této práce bylo prezentovat optimalizovaný protokol na šetrnou extrakci cytokínů z nádorového tkaniva a úpravu vzorků (nádorové lyzáty a séra) před detekcí na proteínových čipech typu „antibozkušeností z Laboratoře biologie nádorů ÚŽFG v Liběchove a ve spolupráci s MBÚ AV ČR v Praze. V práci uvádíme postup izolace cytokínů z nádorů pomocí extrakce z kryorezů. Tato metoda je síce časově náročnejší než bežné postupy s homogenizátorami, na druhé straně však umožnuje šetrnejší zpracovaní vzorků, což může mít vliv na větší výtěžnost cytokínů. Mimo toho je možné sériové řezy, připravené ze stejné oblasti nádoru, z jaké se připravuje lyzát histologicky zpracovat,a konkrétně cytokíny a buňky, ktéré je produkují detekovat i imunofluorescenčně značenými protilátkami. Tato metoda teda umožňuje komplexně a detailně studovat mikroprostředí nádoru (tumour microenviroment).
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0159582