0105402 - UPB-H 20043007 RIV SIGLE CZ eng C - Conference Paper (international conference)
Chroňáková, Alica - Halbritter, A. - Krištůfek, Václav - Biró, B.
Analysis of bacterial isolates and community DNA from four different succession plots in post-mining area.
[Analýza bakteriálních izolátů a DNA ze společenstva ze čtyř různých sukcesních ploch na území po těžbě hnědého uhlí.]
Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. České Budějovice: Institute of Soil Biology AS CR, 2004, s. 93-96. ISBN 80-86525-03-1.
[Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./. České Budějovice (CZ), 02.03.2004-03.03.2004]
R&D Projects: GA ČR GA526/03/1259
Institutional research plan: CEZ:AV0Z6066911
Keywords : bacterial isolates * community DNA * succession plots in post-mining area
Subject RIV: EH - Ecology, Behaviour

Microbial communities of 4 different stages (initial [0 years after heaping of the excavated material], early [10], middle [20] and late [42] of primary succession process were studied. They were characterized by genotyping methods: ARDRA - Amplified ribosomal DNA restriction analyses and box-PCR - genomic fingerprinting using specific primer for boxA-element. Box-PCR method was chosen for comparison of methodological approaches used for characterization of heterotrophic bacterial communities. ARDRA patterns of eubacterial communities were so complex and there weren´t shown any differences among individual communities on different stages of primary succession process. Actinomycetes communities were analyzed using two sets of primers: Actinomycetes 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) and Actinomycetes 2. (243F-A3R; Monciardini et al. 2002). Fingerprints, which were obtained using both of actinomycetes specific primers, showed differences between communities on the early and later stages of primary succession process. Boy-PCR analysis is still in data processing and will be published later

Byla studována mikrobiální společenstva 4 rozdílných stadií (iniciální [0 let po navršení výsypkového materiálu], rané [10], střední [20] a pokročilé [42]) v procesu primární sukcese. Tato společenstva byla charakterizována genotypickými metodami: ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) a box-PCR - genomický fingerprint s použitím specifického primeru pro repetitivní box A - element. Metoda box-PCR byla vybrána pro porovnání metodických přístupů analýzy heterotrofního bakteriálního společenstva. ARDRA profily eubakteriálního společenstva byly příliš komplexní a neukázaly žádné rozdíly mezi jednotlivými společenstvy eubakterií na odlišných sukcesních plochách. Společenstvo aktinomycet bylo studováno použitím dvou sad primerů: aktinomycety 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) a aktinomycety 2. (243F-1401R, Monciardini et al. 2002).Fingerprinty získané použitím dvou specifických sad primerů pro aktinomycety ukázaly rozdíl mezi společenstvem aktinomycet na raném a středním stadiu v procesu primární sukcese. Výsledky z analýzy box-PCR jsou nyní v procesu zpracování a budou publikovány později
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0012645