Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin

0104486 - PAU-O 20043064 RIV US eng J - Journal Article
Zemanová, Eva - Jirků, Milan - Mauricio, I. L. - Miles, M. A. - Lukeš, Julius
Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin.
[Genetický polymorfismus uvnitř Leishmania donovani komplexu koreluje s jejich geografickým původem.]
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. Roč. 70, č. 6 (2004), s. 613-617. ISSN 0002-9637. E-ISSN 1476-1645
Grant - others:European Community(XE) QLK2-CT-2001-01810
Institutional research plan: CEZ:AV0Z6022909
Keywords : genetic polymorphism * Leishmania donovani * RAPD
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 2.013, year: 2004

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to detect intraspecific diversity for the Leishmania donovani complex. Fifty-two decameric to 21-meric primers of arbitrary sequence were applied to 15 strains that belong to nine zymodemes. Strains belonging to the species L. major and L. tropica were used as outgroups. A total of 902 amplicons generated by RAPD were scored. Most primers produced species-specific profiles, only 0.6% amplicons were shared by all species, while 4.3% amplicons were common for all 15 strains of the L. donovani complex. Well-supported trees have been constructed, which show a rather strong correlation between the genetic polymorphism of studied strains and their geographic origin. In all obtained trees, L. infantum was paraphyletic. The RAPD profiles suggest that MON-30 belongs to L. donovani. Moreover, the genetic distance between the L. archibaldi strain and other leishmanias does not warrant existence of a separate species

Polymorfismus náhodných sekvencích (RAPD) byl použit k detekci intraspecifické diverzity u L. donovani komplexu. Bylo použito 52 primerů (deseti až jednadvaceti merů), které amplifikovaly náhodné sekvence u 15 kmenů příslušícím k devíti zymodemovým skupinám. Jako outgroup byly použity L. major a L. tropica. Bylo generováno 902 amplikonů, z nichž pouhých 4.3% bylo shodných pro všech 15 kmenů L. donovani komplexu. Byl zkonstruován dobře podpořený fylogenetický strom, který podpořil silnou korelaci mezi genetickým polymorfismem a geografickým původem. L. infantum byla parafyletická u všech použitých algoritmů. MON-30 patří do L. donovani na základě RAPD profilu. A navíc, genetická vzdálenost kmene L. archibaldi a dalších leishmanií nepoukazuje na existencí jednotlivých druhů
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0011752