0029247 - ÚVGZ 2006 RIV DE eng J - Journal Article
Palenčár, Peter
Force field development on pigments of photosystem 2 reaction centre.
[Vývoj silového pole pro pigmenty reakčního centra fotosystému 2.]
Zoologischer Anzeiger. Roč. 43, č. 3 (2005), s. 417-420. ISSN 0044-5231. E-ISSN 0044-5231
R&D Projects: GA ČR GP206/02/D177
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50510513; CEZ:AV0Z60870520
Keywords : photosystem 2
Subject RIV: CF - Physical ; Theoretical Chemistry
Impact factor: 0.750, year: 2005

We developed new parameters for molecular dynamics (MD) simulations, namely partial atomic charges, equilibrium bond-lengths, angles, dihedrals, atom types, and force constants of chlorophyll a (Chl) and plastoquinone (PQ), and both reduced and neutral form of primary acceptor (PHO) molecule. These parameters are essential for MD simulations that can interpret various structure functional relationships during primary processes of charge separation and stabilization in photosystem 2 reaction centres.

Vyvinuli jsme nové parametry v simulacích molekulární dynamiky (MD)a nové at. typy a konstanty silového pole pro chlorofyl (Chl), plastochinon (PQ) a dve formy molekuly feofytinu.Tyto parametry jsou nutné pro MD simulace pomocí kterých můžeme interpretovat rozličné vztahy mezi strukturou a funkcí v průběhu primárních procesů nábojové separace a stabilizace v reakčním centru fotosystému II.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0119109