Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování

0532695 - BC 2021 RIV CZ cze J - Journal Article
Špak, Josef - Přibylová, Jaroslava - Koloniuk, Igor - Lenz, Ondřej - Sedlák, J. - Paprštein, F. - Jiroutová, P.
Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování.
[Testing apple trees for viruses by the Nex Generation Sequencing.]
2020. Zahradnictví. Roč. 28, č. 8 (2020), s. 35-37. ISSN 1213-7596
R&D Projects: GA MZe(CZ) QK1910065
Institutional support: RVO:60077344
Keywords : Virus * apple * Next Generation Sequencing * rootstock
OECD category: Virology
Method of publishing: Limited access

Metodou nové generace sekvenování (NGS) bylo testováno 28 podnoží jabloně M9 zakoupených od české a renomované zahraniční firmy a 2 rostlin odrůd Golden Delicious, Šampion, Jonagored Supra, Boskoopské červené, Selena a Idared udržovaných v technické izolaci v hmyzutěsném skleníku ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu ovocnářském Holovousy s.r.o. NGS knihovny byly připraveny z obohacené dvouvláknové RNA a sekvenovány pomocí NovaSeq 6000. Tři podnože a dvě odrůdy Golden Delicious a Boskoopské červené, neobsahovaly žádnou virovou nebo viroidní sekvenci. U jedné podnože M9 Elite byl potvrzen výskyt Apple stem grooving virus (ASGV). Ve zbývajících odrůdách byly nově prokázány a potvrzeny pomocí RT-PCR a Sangerovým sekvenováním Citrus concave gum-associated virus (CCGaV) a Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd). Oba patogeny byly detekovány také v komerčních sadech, aleji starých jabloní a v domácích zahradách, což naznačuje jejich přítomnost v České republice pravděpodobně po celá desetiletí.


Twenty-eight M9 certified rootstock plants purchased from a Czech and international producers and 2 plants of cultivars Golden Delicious, Šampion, Jonagored Supra, Boskoopské červené, Selena, and Idared from technical isolation in an insect-proof screen-house at the Research and Breeding Institute of Pomology Holovousy Ltd., were tested by the next-generation sequencing method (NGS). The NGS libraries were prepared from enriched double-stranded RNA and processed with NovaSeq 6000. Three M9 Basic quality rootstocks and two cultivars, Golden Delicious and Boskoop red, were found free of any virus or viroid-like sequence. One M9 Elite rootstock was positive for the Apple stem grooving virus (ASGV). In remaining cultivars were found firstly by NGS and confirmed by RT-PCR and Sanger sequencing Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd) and Citrus concave gum-associated virus (CCGaV). Both pathogens were detected also in commercial orchards, an old apple alley, and home garden trees suggesting their presence in the Czech Republic probably for decades.

Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0311126