Chloroplastová sekvenační\nhaplotypizace dubu pro stanovení\npůvodu a homogenity populací

0473831 - BC 2017 RIV CZ cze L3 - Certified Methodologys
Vlasák, Josef - Cvrčková, H. - Máchová, P.
Chloroplastová sekvenační
haplotypizace dubu pro stanovení
původu a homogenity populací.
[Haplotyping of oak populations by chloroplast sequencing reveals origin and homogeneity of populations.]
Internal code: CM-10/2016 ; 2016
Technical parameters: 67031/2016-MZE-16222/M127
Economic parameters: Předpokládané ekonomické přínosy jsou zvýšený čistý výnos ve výši 170 100 Kč/ha, předpokládá se zvýšení tržeb z těžby dřeva u vlastníků lesů v podobě budoucích zvýšených výnosů dubových porostů založených z kvalitního reprodukčního materiálu ověřeného na základě analýzy DNA.
Certifying body: Ministerstvo zemědělství, Těšnov 17, Praha 1. Certificate issue date: 07.12.2016
R&D Projects: GA MZe QJ1230334
Institutional support: RVO:60077344
Keywords : cpDNA * DNA analysis * Quercus robur * Quercus petraea
OECD category: Forestry

Účelem této publikace je prezentovat novou metodu izolace DNA z mladých listů dubu, která umožňuje efektivní amplifikaci chloroplastové oblasti trnD-trnT a přímé sekvenování z nepřečištěné PCR reakční směsi. Sekvenační data z trnD-trnT oblasti byla využita pro studium variability populací dubu letního a dubu zimního.

The aim of this publication is to present new method of DNA isolation from young
oak leaves that enables efficient amplification of trnD-trnT region of chloroplast
DNA and direct sequencing of crude PCR reaction mixture. Sequence data of trnDtrnT region have been used to examine Quercus robur and Q. petraea populations variability. High discrimination power of this method is demonstrated, comparable with previously used restriction analysis of four similar chloroplast DNA regions. Variable positions in trnT-trnD chloroplast DNA fragment are mapped and their use for oak haplotyping indicated. As an example, 20 Czech Republic oak populations were analyzed and their history, geografical origin and homo/heterogeneity were revealed.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0270961