Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

0352505 - BC 2011 RIV SK cze C - Conference Paper (international conference)
Dohnalová, Ludmila - Kasalický, Vojtěch - Chroňáková, Alica - Krištůfek, Václav
Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization).
[Detection of microorganisms in soil and Miocene sediment using CARD-FISH method (Catalyzed Reporter Deposition – Fluorescence in situ Hybridization).]
Mikrobiológia vody 2009, Zborník prednášok a posterov. Bratislava: Československá spoločnosť mikrobiologická, 2009, s. 149-157. ISBN 978-80-970269-9-8.
[Mikrobiológia vody 2009. Poprad (SK), 30.09.2009-02.10.2009]
R&D Projects: GA MŠMT LC06066; GA AV ČR IAA600660605; GA ČR GA206/09/1642; GA ČR GA526/09/1570
Institutional research plan: CEZ:AV0Z60660521; CEZ:AV0Z60170517
Keywords : detection of microorganisms * soil sediment * CARD-FISH method
Subject RIV: EH - Ecology, Behaviour

Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition – fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno zastoupení specifických skupin prokaryot (Domény: Archea a Bacteria, Kmeny: Actinobacteria a Firmicutes; methanotrofní bakterie I a II typu) ve dvou odlišných prostředích: v půdě podhorských pastvin (farma Borová, Česká republika) a v miocenním sedimentu (hnědouhelný lom, Sokolov, Česká republika). Výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). Metoda CARD-FISH se ukázala vhodnou pro detekci mikroorganismů v půdě podhorských pastvin. Avšak při detekci mikroorganismů v miocénním sedimentu se nepodařilo zoptimalizovat metodu tak, aby vysoký obsah jílových částic nebránil počítání DAPI obarvených buňek. Fluorescenční signál hybridizovaných buňek byl naopak zřetelný. Na optimalizaci metody se nadále pracuje.

The CARD-FISH (catalyzed reporter deposition – fluorescence in situ hybridization) method together with total bacterial counts (DAPI), colony forming units (CFU) was used to determine the prokaryotic community composition in two different types of samples: upland pasture soil (farm Borová, Czech Republic) and Miocene sediment (Sokolov Brown Coal Basin, Czech Republic). The occurrence of Archaea, Bacteria and major bacterial group (Actinobacteria, Firmicutes) as well as some specific functional groups (type I methanotrophs, type II methanotrophs) were studied. CARD-FISH analysis used to detection of microorganisms in pasture soil was applicable without any problems. Miocene sediment negatively influenced signal intensities of DAPI-stained cells, but not hybridized ones. Strategies for overcoming this problem are developed.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0191998