Number of the records: 1  

Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal

  1. 1.
    0338930 - FGÚ 2010 RIV CZ cze L4 - Software
    Michálek, Jan - Čapek, Martin - Janáček, Jiří - Kubínová, Lucie
    Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal.
    [Software Implementation of Compensation of Illumination Inhomogeneities of Microscopic Images, Using the Upper Lipschitz Cover.]
    Internal code: PlaneBrightnessAdjusting ; 2009
    Technical parameters: Programovací jazyk C++, vývojové prostředí MS Visual Studio 2008

    R&D Projects: GA ČR(CZ) GA102/08/0691; GA MŠk(CZ) LC06063
    Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
    Keywords : iIllumination inhomogeneities * confocal microscope * Lipschitz cover
    Subject RIV: JC - Computer Hardware ; Software

    Fluorescenční obrazy nasnímané konfokální laserovou rastrovací mikroskopií (CLSM) z různých hloubek biologického vzorku jsou často používány na 3D rekonstrukci biologického objemu.V ideálním případě, konfokální obrázek regionu odpovídající stejné koncentraci fluoreskujícího barviva ve vzorku by měl být mapován na stejné úrovně šedi. V praxi se bohužel ani ideálně homogenní vzorky, jako jsou kalibrační mřížky, nevyhnou ztmavnutí obrazu hran, jasovému zvýraznění centra atd. Účinky jsou ještě výraznější u obrazů reálných biologických vzorků. Naše řešení problému se opírá o odhad zisku prostorové proměnné, která modeluje nepříznivé účinky nerovnoměrného osvětlení a o opravu obrázku převrácením odhadu hodnoty zisku. Navrhovaný přístup využívá rychlou implementaci morfologické operace s názvem Lipschitzův horní obal. Odpovídající zásuvný programový modul byl implementován pro modulární balík software Ellipse

    Series of stacks of fluorescent images captured by a confocal laser scanning microscope (CLSM) from different depths of a biological specimen are often used, e.g., to produce 3D representation of the underlying biological volume. Ideally, CLSM image regions corresponding to the same concentration of fluorescent dye in the specimen should be mapped to the same greyscale levels. In practice, unfortunately, even ideally homogeneous specimens like artificial calibration grids exhibit darkening of image edges, lightening of the centre etc. Our solution to the problem relies on estimating a spatially variable gain which models the adverse effects of uneven illumination, and correcting images by inverting the estimated gain. The proposed approach exploits fast implementation of a morphological operation called the upper Lipschitz cover. A corresponding plug-in module was implemented for the modular Ellipse software package
    Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0182580

     
     
Number of the records: 1