Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations?

0338172 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Journal Article
Svozil, D. - Hobza, Pavel - Šponer, Jiří
Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations?
[Srovnání stacking energií deseti dinukleotidových stepů v A-RNA a B-DNA duplexes. Můžeme správně určit pořadí stability pomocí kvantově chemických výpočtů?]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 2 (2010), s. 1191-1203. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC512; GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant - others:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Keywords : molecular dynamics * quantum chemistry * base pair step
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 3.603, year: 2010

High level ab initio methods have been used to study stacking interactions in ten unique base pair steps both in A-RNA and in B-DNA duplexes. The protocol for selection of geometries based on molecular dynamics (MD) simulations is proposed, and its suitability is demonstrated by comparison with stacking in steps at fiber diffraction geometries.

Ab initio metody byly použity ke studiu stacking interakcí v deseti stepech párů bází v A-RNA a B-DNA duplexech. Protokol pro výběr geometrií založený na molekulově dynamických simulacích byl navržen a jeho vhodnost byla ukázána srovnáním se stackingem stepů určených fiber-difrakcí.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0005697