Generating resources for genomics of wheat homoeologous chromosome group 3: 3AS- and 3DS-specific BAC libraries

0337706 - ÚEB 2010 RIV IT eng J - Journal Article
Šafář, Jan - Šimková, Hana - Kubaláková, Marie - Suchánková, Pavla - Čihalíková, Jarmila - Bartoš, Jan - Fiocchetti, F. - Roselli, M. - Gill, B. S. - Doležel, Jaroslav - Lucretti, S.
Generating resources for genomics of wheat homoeologous chromosome group 3: 3AS- and 3DS-specific BAC libraries.
[Tvorba zdrojů pro genomiku homeologních chromozómů skupiny 3 pšenice: BAC knihovny specifické pro chromozóm 3AS a 3DS.]
Journal of Genetics & Breeding. Roč. 61, 1-2 (2009), s. 151-160. ISSN 0394-9257
R&D Projects: GA ČR GD521/05/H013; GA ČR GA521/06/1723; GA ČR GA521/07/1573; GA MŠMT(CZ) LC06004; GA MŠMT OC08025
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50380511
Keywords : BAC library * Flow sorting * Homoeologous chromosomes
Subject RIV: GE - Plant Breeding

In bread wheat comprehensive genome analysis is complicated by its very large genome (~17 Gbp), polyploid nature and high repetitive sequence content. Using flow cytometry allows dissecting the wheat genome to individual chromosomes. Flow sorted chromosomes were used already to construct several grain BAC libraries including those from chromosome 3B and chromosome arms 1BS and 1RS. In the present work we compare the construction of the 3AS/3DS BAC libraries in respect to our new improved protocol which made two-sized selection feasible. A minimal tiling path of chromosome 3B has already been established. Construction of the 3AS- and 3DS-specific BAC libraries represent significant step toward completing BAC resources for the homoeologous chromosome group 3 of wheat and accelerate the development of sequence-ready physical contig maps and gene cloning, as well as comparative analyses aiming at revealing the genome changes accompanying the evolution of homoeologous chromosome group 3.

Komplexní analýza genomu pšenice seté je komplikována jejím obrovským genomem (~17 Gbp), polyploidním původem a vysokým obsahem repetitivních sekvencí. Využití průtokové cytometrie umožňuje rozdělení genomu pšenice na jednotlivé chromozómy. Takto tříděné chromozómy byly již dříve použity ke konstrukci několika BAC knihoven u obilovin, například chromozómu 3B a ramen chromozómů 1BS a 1RS. Tato práce představuje konstrukci BAC knihoven specifických pro ramena 3AS a 3DS pšenice, poprvé s využitím dvoustupňová velikostní selekce. Konstrukcí těchto knihoven byla zkompletována homeologní skupina chromozómu 3 pšenice. Takto lze významně urychlit vyvíjení fyzických kontigových map a klonování genů, stejně jako komparativní analýzy odhalující změny v genomu doprovázené evolucí homeologní skupiny chromozómu 3 pšenice.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0181641