Profiling of polychromatic flow cytometry data on B-cells reveals patients' clusters in common variable immunodeficiency

0335460 - BTÚ 2010 RIV GB eng J - Journal Article
Kalina, T. - Stuchlý, J. - Janda, A. - Hrušák, O. - Růžičková, Šárka - Šedivá, A. - Litzman, J. - Vlková, M.
Profiling of polychromatic flow cytometry data on B-cells reveals patients' clusters in common variable immunodeficiency.
[Klastrování pacientů s běžným variabilním imunodeficitem na základě profilování dat získaných imunofenotypizací B buněk pomocí polychromatické průtokové cytometrie.]
Cytometry. Part A. Roč. 75, č. 11 (2009), s. 902-909. ISSN 1552-4922. E-ISSN 1552-4930
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50520701
Keywords : binning * B lymphocyte profiling * common variable immunodeficiency
Subject RIV: EC - Immunology
Impact factor: 3.032, year: 2009

New CD21-CD38-CD27-CD24+IgM+ and CD21-CD38- CD27-CD24-IgM+ subpopulations of B lymphocytes were shown using molecular analysis to display the signs of antigen-driven selection, affinity maturation and isotype switching in both patients with immunodeficiences and controls. These populations can be easily identified using so-called binning algorithm allowing generation of clusters of patients and B lymphocyte subsets. The validity of this method was verified using classical flow cytometry gating and correlation between flow cytometry data and clinical parameters

Molekulární analýzou produkovaných Ig mRNA bylo zjištěno, že nově popsané CD21-CD38-CD27-CD24+IgM+ a CD21-CD38- CD27-CD24-IgM+ subpopulace B-lymfocytů prošly antigenem řízenou selekcí, afinitní maturací a izotypovým přesmykem, a to u pacientů s imunitním deficitem tak kontrol. Tyto subpopulace mohou být identifikovány také pomocí tzv. binning algoritmu umožňujícím klastrování subpopulací B lymfocytů a pacientů. Věrohodnost metody byla ověřena klasickým způsobem zpracovaní dat průtokové cytometrie a korelací s klinickými parametry
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0179922