Evaluation of Parameters Critical for Observing Nucleic Acids Inside Living Xenopus laevis Oocytes by In-Cell NMR Spectroscopy

0334908 - BC 2010 RIV US eng J - Journal Article
Hansel, R. - Foldynová, Silvie - Lohr, F. - Buck, J. - Bongartz, E. - Bamberg, E. - Schwalbe, H. - Dotsch, V. - Trantírek, Lukáš
Evaluation of Parameters Critical for Observing Nucleic Acids Inside Living Xenopus laevis Oocytes by In-Cell NMR Spectroscopy.
[Vyhodnocení parametrů kritických pro pozorování nukleových kyselin v prostředí živých oocytů Xenopus laevis pomocí in-cell NMR spektroskopie.]
Journal of the American Chemical Society. Roč. 131, č. 43 (2009), s. 15761-15768. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
R&D Projects: GA AV ČR KAN200100801
Institutional research plan: CEZ:AV0Z60220518
Keywords : in-cell NMR * nucleic acid * Xenopus laevis * DNA * RNA
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 8.580, year: 2009

In-cell NMR spectroscopy of proteins in different cellular environments is a well-established technique that, however, has not been applied to nucleic acids so far. Here, we show that isotopically labeled DNA and RNA can be observed inside the eukaryotic environment of Xenopus laevis oocytes by in-cell NMR spectroscopy. One limiting factor for the observation of nucleic acids in Xenopus oocytes is their reduced stability. We demonstrate that chemical modification of DNA and RNA can protect them from degradation and can significantly enhance their lifetime. Finally, we show that the imino region of the NMR spectrum is devoid of any oocyte background signals enabling the detection even of isotopically nonlabeled molecules.

In-cell NMR spektroskopie proteinů v různých buněčných prostředích je etablovaná technika, která nicméně nebyla doposud aplikována na nukleové kyseliny. Zde ukazujeme, že izotopicky značené DNA a RNA mohou být pozorovány v eukaryotickém prostředí Xenopus laevis za použití in-cell NMR. Jedním limitujícím faktorem pro pozorování nukleových kyselin je jejich snížená stabilita. Ukazujeme, že imino-region NMR spektra oocytů neosahuje žádné pozadí, což umožňuje detekci izotopicky neznačených nukleových kyselin.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0179517