Concatenated SSU and LSU rDNA data confirm the main evolutionary trends within myxosporeans (Myxozoa: Myxosporea) and provide effective tool for their molecular phylogenetics

0334902 - BC 2010 RIV US eng J - Journal Article
Bartošová, Pavla - Fiala, Ivan - Hypša, Václav
Concatenated SSU and LSU rDNA data confirm the main evolutionary trends within myxosporeans (Myxozoa: Myxosporea) and provide effective tool for their molecular phylogenetics.
[Spojená SSU a LSU rDNA data potvrzují hlavní evoluční směry myxosporeí (Myxozoa: Myxosporea) a poskytují účinný nástroj pro rekonstrukci jejich fylogeneze.]
Molecular Phylogenetics and Evolution. Roč. 53, č. 1 (2009), s. 81-93. ISSN 1055-7903. E-ISSN 1095-9513
R&D Projects: GA AV ČR KJB600960701; GA MŠMT LC522
Institutional research plan: CEZ:AV0Z60220518
Keywords : myxosporea * phylogeny * LBA * LSU rDNA * 28S * SSU rDNA * 18S * D domains
Subject RIV: EG - Zoology
Impact factor: 3.556, year: 2009

Views on myxosporean phylogeny and systematics have recently undergone substantial changes resulting from analyses of SSU rDNA. Here, we further investigate the evolutionary trends within myxosporean lineages by using 35 new sequences of the LSU rDNA. We show a good agreement between the two rRNA genes and confirm the main phylogenetic split between the freshwater and marine lineages. The informative superiority of the LSU data is shown by an increase of the resolution, nodal supports and tree indexes in the LSU rDNA and combined analyses. We determine the most suitable part of LSU for the myxosporean phylogeny by comparing informative content in various regions of the LSU sequences. Based on this comparison, we propose the D5–3′-end part of the LSU rRNA gene as the most informative region which provides in concatenation with the complete SSU a well resolved and robust tree. To allow for simple amplification of the marker, we design specific primer set for this part of LSU rDNA.

Pohled na fylogenezi myxosporeí a jejich systém se nedávno změnil díky fylogenetickým analýzám SSU rDNA. V této práci se podrobně zabýváme analýzou evolučních směrů fylogenetických linií s využitím 35 nových sekvencí LSU rDNA. Prokázali jsme shodu rDNA genů a potvrdili rozdělení myxosporeí na dvě hlavní evoluční linie - sladkovodní a mořskou. Důležitost LSU rDNA dat jsme prokázali několika faktory – zvýšením rozlišenosti stromů, vyššími podpory uzlů a lepšími ukazateli kvality stromů. Dále jsme odhalili nejvhodnější oblast LSU rDNA pro rekonstrukci fylogeneze myxosporeí (D5–3‘-end oblast), která spojením s SSU rDNA daty poskytuje velmi dobře rozlišené a robustní stromy. Pro snadnou amplifikaci tohoto markeru jsme navrhli specifické primery pro danou oblast LSU rDNA.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0179511