Compaction mechanism of intermediate-sized DNA elucidated by fluorescence lifetime correlation spectroscopy

0333795 - ÚFCH JH 2010 RIV CZ eng J - Journal Article
Humpolíčková, Jana - Benda, Aleš - Beranová, Lenka - Hof, Martin
Compaction mechanism of intermediate-sized DNA elucidated by fluorescence lifetime correlation spectroscopy.
[Osvětlení mechanismu kondenzace středně velkých molekul DNA pomocí časově rozlišené fluorescenční korelační spektroskopie.]
Chemické listy. Roč. 103, č. 11 (2009), s. 911-914. ISSN 0009-2770. E-ISSN 1213-7103
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06063
Institutional research plan: CEZ:AV0Z40400503
Keywords : DNA compaction * fluorescence lifetime correlation spectroscopy * spermine
Subject RIV: CF - Physical ; Theoretical Chemistry
Impact factor: 0.717, year: 2009

This work reveals the compaction mechanism of intermediate-sized DNA molecules. Using the FLCS it was shown that the compaction of 10 kbp circular plasmide is the all-or-none transition.

Mechnismus kondenzace středně velkých DNA molekul nelze dobře objasnit ani použitím souborových metod, ani pomocí fluorescenční mikroskopie. Časově rozlišená fluorescenční korelační spektroskopie umožňuje charakterizovat konformaci molekul DNA v jednotlivých fázích titrace kondenzačním činidlem sperminem. Ukazuje se, že v průběhu celé titrace jsou molekuly DNA přítomny buď ve volné formě, nebo ve formě kondenzované, jinými slovy, že se jedná o tzv. “all-or-none” mechanismus. Pouze malá frakce DNA molekul obsahuje jak kondenzované, tak volné domény, které lze pozorovat pomocí krosskorelace signálu pocházejícího z jednotlivých typů domén. Z tvaru krosskorelačních závislostí lze usuzovat na rovnovážný dynamický přechod mezi oběma typy domén.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0178701