Applications of MALDI-TOF MS to large-scale human mtDNA population-based studies

0332627 - ARÚ 2010 RIV DE eng J - Journal Article
Cerezo, M. - Černý, Viktor - Carracedo, Á. - Salas, A.
Applications of MALDI-TOF MS to large-scale human mtDNA population-based studies.
[Aplikace MALDI-TOF MS na populačně založené studie velkého rozsahu.]
Electrophoresis. Roč. 30, č. 21 (2009), s. 3665-3673. ISSN 0173-0835. E-ISSN 1522-2683
R&D Projects: GA ČR GA206/08/1587
Institutional research plan: CEZ:AV0Z80020508
Keywords : Haplogroup * High-throughput SNP genotyping * MALDI-TOF MS * Mitochondrial DNA * Multiplex assay
Subject RIV: AC - Archeology, Anthropology, Ethnology
Impact factor: 3.077, year: 2009
http://www3.interscience.wiley.com/journal/122665008/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0

The article shows how it is possible to analyze mitochondrial DNA coding region SNP variation by MALDI-TOF MS technique. As the African phylogeny has been chosen SNP selection thus aimed to fully cover all the mtSNPs defining major and minor branches of the known African tree, including, macrohaplogroup L, and haplogroups M1, and U6. A total of 230 mtSNPs were finally selected; this number could be lower for the samples from other continents. Test samples collected from two different African locations were used, namely, Mozambique and Chad Basin. The advantages of the MALDI-TOF MS are discussed in comparison with other popular methods.

Článek ukazuje, jak je možné analyzovat variabilitu kódující oblasti mitochondriální DNA technikou MALDI-TOF MS. Protože byly ke studiu vybrány africké vzorky, výběr SNP byl zvolen tak, aby pokrýval všechny mutace hlavních i vedlejších větví známé africké fylogeneze zahrnující jak makrohaploskupinu L, tak i haploskupiny M1 a U6. Celkově bylo vybráno 230 mtSNP, pro vzorky z jiných kontinentů by tento počet mohl být nižší. Byly vybrány testovací vzorky ze dvou afrických regionů, jmenovitě Mozambiku a Čadské pánve. Výhody techniky MALDI-TOF MS jsou prezentovány ve srovnání s dalšími metodami.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0177834