Extensive conserved synteny of genes between the karyotypes of Manduca sexta and Bombyx mori revealed by BAC-FISH mapping

0330525 - BC 2010 RIV US eng J - Journal Article
Yasukochi, Y. - Tanaka-Okuyama, M. - Shibata, F. - Yoshido, A. - Marec, František - Wu, Ch. - Zhang, H. - Goldsmith, M. R. - Sahara, K.
Extensive conserved synteny of genes between the karyotypes of Manduca sexta and Bombyx mori revealed by BAC-FISH mapping.
[Rozsáhlá konzervovaná syntenie genů mezi karyotypy Manduca sexta a Bombyx mori prokázaná mapováním metodou BAC-FISH.]
PLoS ONE. Roč. 4, č. 10 (2009), e7465. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
R&D Projects: GA ČR GA206/06/1860; GA AV ČR IAA600960925
Grant - others:Japan Society for the Promotion of Science(JP) 18380037; National Science Foundation(US) IBN020838
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50070508
Keywords : Manduca sexta
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 4.351, year: 2009

We used fluorescence in situ hybridization (FISH) with bacterial artificial chromosome (BAC) probes for physical mapping of genes and comparative genome analysis in Lepidoptera. We isolated BAC clones containing orthologs of single-copy genes of the silkworm, Bombyx mori, from a BAC library of the tobacco hornworm, Manduca sexta. We then constructed a BAC-FISH karyotype identifying all 28 chromosomes of M. sexta by mapping 124 loci using the corresponding BAC clones. BACprobes from M. sexta also generated clear signals on the corresponding chromosomes of a related species, Agrius convolvuli. Comparison of the M. sexta BAC physical map with the linkage map of B. mori pointed to conserved synteny including conserved gene order in most chromosomes. Only three inversions, three translocations, and two fission/fusion events were estimated to have occurred after the divergence of Bombycidae and Sphingidae. These results add to accumulating evidence for the stability of lepidopteran genomes.

Využili jsme fluorescenční in situ hybridizaci (FISH) se sondami z bakteriálních umělých chromosomů (BAC) pro fyzikální mapování genů a srovnávací analýzu genomů motýlů. Izolovali jsme klony BAC obsahující ortology unikátních genů bource morušového, Bombyx mori, z knihovny BAC lišaje tabákového, Manduca sexta. Poté jsme zkonstruovali BAC-FISH karyotyp identifikací všech 28 chromosomů M. sexta mapováním 124 lokusů pomocí odpovídajících klonů BAC. Sondy BAC z M. sexta také generovaly zřetelné signály na odpovídajících chromosomech příbuzného druhu, Agrius convolvuli. Srovnání fyzikální mapy klonů BAC M. sexta s vazebnou mapou B. mori ukázalo konzervovanou syntenii včetně pořadí genů u většiny chromosomů. Byly zjištěny pouze 3 inverze, 3 translokace a 2 fúze či rozpady chromosomů po divergenci čeledí Bombycidae a Sphingidae. Naše výsledky jsou dalším důkazem stability motýlích genomů.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0176298