Gene Content and Virtual Gene Order of Barley Chromosome 1H1,[C],[W],[OA]

0330512 - ÚEB 2010 RIV US eng J - Journal Article
Mayer, K. F. X. - Taudien, S. - Martis, M. - Šimková, Hana - Suchánková, Pavla - Gundlach, H. - Wicker, T. - Petzold, A. - Felder, M. - Steuernagel, B. - Scholz, U. - Graner, A. - Platzer, M. - Doležel, Jaroslav - Stein, N.
Gene Content and Virtual Gene Order of Barley Chromosome 1H1,[C],[W],[OA].
[Obsah genů a virtuální pořadí genů na chromozómu 1H ječmene.]
Plant Physiology. Roč. 151, č. 2 (2009), s. 496-505. ISSN 0032-0889. E-ISSN 1532-2548
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06004
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50380511
Keywords : WHOLE-GENOME AMPLIFICATION * RICE GENOME * DNA
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 6.235, year: 2009

Chromosome 1H (approximately 622 Mb) of barley (Hordeum vulgare) was isolated by flow sorting and shotgun sequenced by GSFLX pyrosequencing to 1.3-fold coverage. Fluorescence in situ hybridization and stringent sequence comparison against genetically mapped barley genes revealed 95% purity of the sorted chromosome 1H fraction. Sequence comparison against the reference genomes of rice (Oryza sativa) and sorghum (Sorghum bicolor) and against wheat (Triticum aestivum) and barley expressed sequence tag datasets led to the estimation of 4,600 to 5,800 genes on chromosome 1H, and 38,000 to 48,000 genes in the whole barley genome. Conserved gene content between chromosome 1H and known syntenic regions of rice chromosomes 5 and 10, and of sorghum chromosomes 1 and 9 was detected on a per gene resolution. Informed by the syntenic relationships between the two reference genomes, genic barley sequence reads were integrated and ordered to deduce a virtual gene map of barley chromosome 1H.

Chromozóm 1H (622 Mb) ječmene (Hordeum vulgare) byl izolován tříděním průtokovou cytometrií a sekvenován pomocí pyrosekvenování systémem GSFLX s pokrytím chromozómu 1,3-krát. Fluorescenční in situ hybridizace a stringentní srovnávání sekvencí s geneticky zamapovanými geny ječmene ukázalo na 95% čistotu tříděných frakcí chromozómu 1H. Srovnání sekvencí DNA s referenčními genomy rýže (Oryza sativa) a čiroku (Sorghum bicolor) a s EST sekvencemi pšenice (Triticum aestivum) a ječmene vedlo k odhadu přítomnosti 4600-5800 genů na chromozómu 1H a 38000-48000 genů v celém genomu ječmene. Byl detekován konzervovaný obsah genů mezi chromozómem 1H a známými syntenickými oblastmi chromozómů 5 a 10 rýže a chromozómy 1 a 9 čiroku. Na základě znalosti syntenie s těmito dvěma referenčními genomy byla genová sekvenační čtení ječmene integrovaná a seřazená s cílem odvodit virtuální genetickou mapu chromozómu 1H ječmene.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0176288