Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields

0329244 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Journal Article
Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Sarzynska, J. - Koča, J. - Orozco, M. - Cheatham III, T.E. - Kulinski, T. - Šponer, Jiří
Single stranded loops of quadruplex DNA as key benchmark for testing nucleic acids force fields.
[Jednořetězcové smyčky DNA kvadruplexů jako klíčový benchmark pro testování silových polí pro nukleové kyseliny.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 9 (2009), s. 2514-2530. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant - others:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : DNA quadruplex * MD simulation * force fields
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.804, year: 2009

We have carried out a set of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations on two DNA quadruplex (G-DNA) molecules. The main purpose of the paper was testing of the capability of the MD simulation technique to describe single-stranded topologies of G-DNA loops, which represent a very challenging task for computational methods.

Provedli jsme sadu explicitních molekulově dynamických simulací na dvou molekulách DNA kvadruplexu (G-DNA). Hlavním cílem práce bylo testovat schopnost molekulově dynamických technik popsat jednořetězcové topologie G-DNA smyček, které reprezentují velmi náročnou úlohu pro počítačové metody.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0175333