Analysis of genetic variability in the Czech Dachshund population using microsatellite markers

0327115 - ÚŽFG 2010 RIV DE eng J - Journal Article
Přibáňová, M. - Horák, Pavel - Schröffelová, D. - Urban, T. - Bechyňová, Renata - Musilová, L.
Analysis of genetic variability in the Czech Dachshund population using microsatellite markers.
[Analýza genetické variability v populaci jezevčíků v České republice pomocí mikrosatelitních markerů.]
Journal of Animal Breeding and Genetics. Roč. 126, - (2009), s. 311-318. ISSN 0931-2668. E-ISSN 1439-0388
R&D Projects: GA AV ČR 1QS500450578; GA ČR GD523/03/H076
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50450515
Keywords : dachshund * dog * genetic variability * microsatellite
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 1.706, year: 2009

The primary goal of this study was to analyse genetic variation within and among six Dachshund varieties in the Czech Republic using 10 microsatellites from StockMarks Paternity Polymerase Chain Reaction(PCR) Typing kit. A total of 632 Dachshund were sampled - 99 Standard Smooth-haired, 72 Standard Long-haired, 272 Standard Wire-haired, 42 Miniature Smooth-haired, 73 Miniature Long-haired and 74 Miniature Wire-haired. Average observed heterozygosity and polymorphic information content ranged in particular Dachshund varietes between 0.58-0.70 and 0.57-0.64, respectively. Subsequent analysis of the population structure (F-statistic, Neis genetic identity) showed that Standard Dachshund shared allele frequencis most closely with their miniature equivalents, and smooth coat type is closer to Wire-haired coat type than to Long-haired one. Analysis of molecular variance revealed that 11.81% of total variance occured among varieties. The value of combined exclusion probability (0.9955) valida

Hlavním cílem práce byla analýza genetické variability v populaci šesti variet jezevčíků chovaných v České republice pomocí mikrosatelitních markerů. Do zkoumaného souboru bylo celkem zařazeno 632 jedinců: 99 standardních hladkosrstých, 72 standardních dlouhosrstých, 272 standardních drsnosrstých, 42 miniaturních hladkosrstých, 73 miniaturních dlouhosrstých a 74 miniaturních drsnosrstých jezevčíků. V jednotlivých subpopulacích byla zjištěna pozorovaná heterozygotnost 0,58-0,70 a polymorfní informační obsah 0,57-0,64. Analýza populace (F-statistika; genetická identita) odhalila, že standardní a miniaturní variety jednotlivých typů osrstění jsou si geneticky blíže než je tomu mezi standardními resp. miniaturními jezevčíky navzájem. Pomocí analýzy molekulární variance bylo zjištěno, že 11,81% z celkové variance populace tvoří rozdílnost mezi jednotlivými varietami. Vypočtená hodnota pravděpodobnosti vyloučení rodičovství (CEP=0,9955) pro použitý panel mikrosatelitů prokázala jeho použitelnost pro testy rodičovství všech variet jezevčíků. Z celkového počtu 234 provedených ověření rodičovství v 1,28% případech neodpovídalo.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0174014