Balance of attraction and repulsion in nucleic-acid base stacking: CCSD(T)/complete-basis-set-limit calculations on uracil dimer and a comparison with the force-field description

0326978 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Journal Article
Morgado, C.A. - Jurečka, P. - Svozil, Daniel - Hobza, Pavel - Šponer, Jiří
Balance of attraction and repulsion in nucleic-acid base stacking: CCSD(T)/complete-basis-set-limit calculations on uracil dimer and a comparison with the force-field description.
[Rovnováha přitahování a odpuzování při stackingu bází nukleových kyselin: CSSD(T)/kompletní-basis limit set výpočty dimerů uracilu a srovnání s popisem pomocí silového pole.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 6 (2009), s. 1524-1544. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
R&D Projects: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) IAA400550701; GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant - others:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Keywords : quantum chemical calculations * nucleic acids * force field
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.804, year: 2009

We have carried out reference quantum-chemical calculations for about 100 geometries of the uracil dimer in stacked conformations. The calculations have been specifically aimed at geometries with unoptimized distances between the monomers. Apart form quantum-chemical calculations we have carried out calculations based molecular mechanics, as well.

Provedli jsme referenční kvantově-chemické výpočty pro 100 geometrií dimerů uracilu v stacking konformacích. Výpočty byly provedeny na geometriích s neoptimalizovanými vzdálenostmi mezi monomery. Kromě kvantově-chemických výpočtů jsme provedli výpočty i pomocí molekulové mechaniky.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0173894