Molecular dynamics suggest multifunctionality of an adenine imino group in acid-base catalysis of the hairpin ribozyme

0323266 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Ditzler, M.A. - Šponer, Jiří - Walter, N.G.
Molecular dynamics suggest multifunctionality of an adenine imino group in acid-base catalysis of the hairpin ribozyme.
[Molekulová dynamika ukazuje na multifunkčnost imino skupiny adeninu v katalýze kyselé báze hairpin ribozymu.]
RNA. Roč. 15, č. 4 (2009), s. 560-575. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
R&D Projects: GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : molecular dynamics * ribozyme * catalytic mechanism
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 5.198, year: 2009

Molecular dynamics study of the catalytic mechanism of hairpin ribozyme. The calculations were supplemented by electrophoretic mobility shift essay. Main attention of this study was paid to A38 base and hydration of the catalytic site as well.

Molekulově dynamická studie katalytického mechanismu hairpin ribozymu. Ve výpočtu byly doplněny elektroforetickými měřeními. Hlavní pozornost této studie byla věnována bázi A38 a také hydrataci v oblasti katalytického místa.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0171274