Trans Hoogsteen/sugar edge base pairing in RNA. Structures, energies, and stabilities from quantum chemical calculations

0322991 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Mládek, Arnošt - Sharma, P. - Mitra, A. - Bhattacharyya, D. - Šponer, Jiří - Šponer, Judit E.
Trans Hoogsteen/sugar edge base pairing in RNA. Structures, energies, and stabilities from quantum chemical calculations.
[Trans Hoogsteen/sugar edge párování v RNA. Struktura, energie a stabilita z kvantově chemických výpočtů.]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 113, č. 6 (2009), s. 1743-1755. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
R&D Projects: GA AV ČR(CZ) IAA400550701; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant - others:GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Keywords : quantum chemical calculations * base pairing * RNA
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 3.471, year: 2009

Trans Hoogsteen/sugar edge (H/SE) RNA base pairs form one of the six families of RNA base pairs that utilize the 2'-hydroxyl group of ribose for base pairing and play key roles in stabilizing folded RNA molecules. Here we provide a detailed quantum chemical characterization of intrinsic structures and interaction energies of this base pair family, along with the evaluation of solvent screening effects by a continuum solvent approach.

Trans Hoogsteen/sugar edge (H/SE) RNA bází formují jednu z 6 rodin párů RNA, která využívá 2'-hydroxylovou skupinu na ribóze pro párování, a hrají důležitou roli při stabilizaci zfoldovaných molekul RNA. V této práci popisujeme pomocí kvantové chemie charakteristické struktury a interakční energie této rodiny spolu s vyhodnocením stínících efektů pomocí přístupu spojitého solventu.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0005152