Structure and dynamics of the ApA, ApC, CpA and CpC RNA dinucleoside monophosphates resolved with NMR scalar spin-spin couplings

0322864 - ÚOCHB 2009 RIV US eng J - Journal Article
Vokáčová, Zuzana - Buděšínský, Miloš - Rosenberg, Ivan - Schneider, Bohdan - Šponer, Jiří - Sychrovský, Vladimír
Structure and dynamics of the ApA, ApC, CpA and CpC RNA dinucleoside monophosphates resolved with NMR scalar spin-spin couplings.
[Studie struktury a dynamiky dinukleosidů monofosfátů (ApA, ApC, CpA, CpC) nukleární magnetickou rezonancí.]
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 113, č. 4 (2009), s. 1182-1191. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
R&D Projects: GA AV ČR IAA400550701
Institutional research plan: CEZ:AV0Z40550506; CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50520701
Keywords : RNA * NMR * MD
Subject RIV: CF - Physical ; Theoretical Chemistry
Impact factor: 3.471, year: 2009

Functional diversity of nucleic acids (NAs) makes their study crucial for deeper understanding of many essential biological processes. The experimental J-couplings were correlated with the theoretical J-couplings obtained as the dynamical averages of the Karplus equations relevant to the torsion angles. The dynamical information was captured using the molecular dynamics (MD) calculation method.

Funkční rozmanitost nukleových kyselin z nich dělá důležitý prvek k porozumění základních biologických procesů, do nichž jsou zapojeny. Experimentální spin-spinové konstanty byly korelovány s teoretickými spin-spinovými konstantami získanými dynamickým průměrováním Karplusových rovnic pro odpovídající torze. Pro výpočet dynamikcých vlastností byly použity molekulárně dynamické výpočty.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0005145