Antibody array analysis with label-based detection and resolution of protein size

0318349 - ÚMG 2009 RIV CA eng J - Journal Article
Wu, W. - Slaastad, H.S. - De la Rosa Carrillo, D. - Frey, T. - Tjonnfjord, G.E. - Boretti, E. - Aasheim, H.C. - Hořejší, Václav - Lund-Jaohnsen, F.
Antibody array analysis with label-based detection and resolution of protein size.
[Analýza založená na mnohočetném protilátkovém souboru, detekci značením a rozlišení velikosti proteinů.]
Molecular & Cellular Proteomics. Roč. 8, č. 2 (2009), s. 245-257. ISSN 1535-9476. E-ISSN 1535-9484
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50520514
Keywords : antibody array * proteomics * cell signalling
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 8.791, year: 2009

Proteins from different cellular compartments were labeled and separated by size exclusion chromatography into 20 fractions. The elution profiles were compiled to color maps across the size separation range (670-10kDa). A new solid phase designed for processing in microwell plates was developed to handle the large number of samples. Antibodies were bound to protein G-coupled microspheres surface-labeled with 300 combinations of four fluorescent dyes. Fluorescence from particle color codes and the protein label was measured by high speed flow cytometry. Cytoplasmic protein kinases, membrane proteins, cyclin-dependent kinases (cdks), cyclins and cdk-inhibitors, were analyzed; the results were compatible with their occurrence in complexes that vary with the cell cycle phase and subcellular localization. A two-dimensional platform extends the utility of antibody array analysis to studies of protein complexes.

Proteiny různých velikostí byly fluorescenčně označeny a separovány gelovou filtrací do 20 frakcí. Eluční profily byly uspořádány do barevných map v celém separačním rozsahu (670-10 kDa). Byl vyvinut nový typ nosiče vhodný pro zpracování velkého počtu vzorků v mikrodestičkách. Protilátky byly navázány na mikrokuličky s proteinem G značené 300 kombinacemi 4 fluoroforů a detekovány vysokorychlostní průtokovou cytometrií. Byly analyzovány proteinkinasy, membránové proteiny, cykliny a cyklin-dependentní kinasy. Výsledky odpovídaly známým komplexům těchto proteinů a jejich subcelulární lokalizaci v závislosti na buněčném cykly. tato dvojrozměrná platforma je vhodná jako nová metoda pro studium proteinových komplexů.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0167796