Biocomputational prediction of small non-coding RNAs in Streptomyces

0311306 - MBÚ 2009 RIV CZ eng J - Journal Article
Pánek, Josef - Bobek, Jan - Mikulík, Karel - Basler, Marek - Vohradský, Jiří
Biocomputational prediction of small non-coding RNAs in Streptomyces.
[Biologicko-početní předpověď malých nekódujících RNA ve streptomycetách.]
BMC Genomics. Roč. 9, č. 217 (2008), s. 1-14. ISSN 1471-2164. E-ISSN 1471-2164
R&D Projects: GA ČR GP204/07/P361; GA ČR GA203/05/0106; GA ČR GA310/07/1009
Grant - others:XE(XE) EC Integrated Project ActinoGEN, LSHM-CT-2004-005224.
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50200510
Keywords : non-coding RNA * streptomyces * biocomputational prediction
Subject RIV: IN - Informatics, Computer Science
Impact factor: 3.926, year: 2008

The first systematic study of small non-coding RNAs (sRNA, ncRNA) in Streptomyces is presented. Thirty-two potential sRNAs in Streptomyces were predicted. Of these, expression of 20 was detected by microarrays and RT-PCR. One predicted sRNA was identified computationally with high probability as a Streptomyces 6S RNA. Out of the 32 predicted sRNAs, 24 were found to be structurally dissimilar from known sRNAs

První systematická studie malých nekódujících RNA (sRNA) u streptomycet. 32 sRNA bylo předpovězeno. Exprese byla ověřena experimentálně u dvaceti pomocí microarrays a RT-PCR. Jedna sRNA byla identifikována jako 6S RNA. 24 předpovězených sRNA bylo shledáno strukturně nepodobnými se známými sRNA
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0162952