0310357 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Sarzynska, J. - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří - Kulinski, T.
Conformational transitions of flanking purines in HIV-1 RNA dimerization initiation site kissing complexes studied by charmm explicit solvent molecular dynamics.
[Konformační přechody volných bází v rNA "kissing" komplexech viru HIV-1 studované molekulově dynamickými simulacemi v explicitním solventu pomocí Charmmu.]
Biopolymers. Roč. 89, č. 9 (2008), s. 732-746. ISSN 0006-3525. E-ISSN 1097-0282
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : molecular dynamics * RNA * force field
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 2.823, year: 2008 ; AIS: 0.891, rok: 2008
DOI: https://doi.org/10.1002/bip.21001

Study of flanking bases in RNA kissing loop complexes using Charmm force field shows good agreement with experiments carried out by Amber and with X-ray crystalography. The study describes multiple conformations, which flanking bases may adopt on nanosecond time scale.

Studium volných bází v kissing komplexech RNA pomocí silového pole Charmm ukazuje shodu s experimenty prováděnými pomocí Amberu a s rentgenovou krystalografií. Studie popisuje množství konformací, které mohou volné báze zaujmout na nanosekundové časové škále.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0162245