0308919 - BFÚ 2008 RIV GB eng J - Journal Article
Šponer, Jiří - Riley, K.E. - Hobza, Pavel
Nature and magnitude of aromatic stacking of nucleic acid bases.
[Povaha a velikost aromatického stackingu v bázích nukleových kyselin.]
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 10, č. 19 (2008), s. 2595-2610. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
R&D Projects: GA AV ČR(CZ) IAA400550510
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Keywords : quantum chemical calculations * base-stacking * DNA
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.064, year: 2008

This work summarises recent advances in quantum chemical calculations of base-stacking forces in nucleic acids. Details of very complex relationship between the gas-phase basestacking energies, as revealed by quantum chemical (QM) calculations, and the highly variable roles of these interactions in nucleic acids. This issue is rarely discussed in quantum chemical and physical chemistry literature. We further extensively discuss methods that are available for basestacking studies and complexity of comparison of stacking calculations with gas phase experiments.

Práce sumarizuje výhody kvantově chemických výpočtů sil, které určují stacking interakce v bázích nukleových kyselin. Jsou popisovány velmi komplexní vztahy mezi energiemi stackingu bází v plynné fázi tak, jak je odhalily kvantově-chemické výpočty, a také velice proměnné role těchto interakcí v nukleových kyselinách. Dále jsou diskutovány metody pomocí kterých můžeme studovat stacking a komplexita srovnání kvantově-chemických výpočtů s experimenty v plynné fázi.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0161222