LinkMRC - user software for optimalized composition of consecutive stacks of images from confocal microscope

0308637 - FGÚ 2008 RIV CZ eng L - Prototype, f. module
Karen, Petr
LinkMRC - user software for optimalized composition of consecutive stacks of images from confocal microscope.
[LinkMRC - program pro optimalizované skládání následně snímaných serií obrazů z konfokálního mikroskopu.]
Internal code: LinkMRC ; 2008
Technical parameters: Borland C++ / MS Windows - standalone program
Economic parameters: Open source
R&D Projects: GA ČR(CZ) GA304/05/0153; GA MŠMT(CZ) LC06063
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
Keywords : image processing * confocal microscopy
Subject RIV: JC - Computer Hardware ; Software

LinkMRC is a program for composing two series of consecutive thick optical sections captured by a Bio-Rad confocal microscope. Input is represented by two files in native format and output by one file containing series of confocal images composed from the two input series, one above the other and aligned by rotation and translation. The alignment of consecutive sections is refined by automatic algorithms based either on minimalization of the sum of absolute valued differences between the consecutive images from two sections, or on maximalization of normalized correlation coefficient or mutual information function between the consecutive parts of sections

LinkMRC je program pro skládání dvou následných serií optických řezů získaných konfokálním mikrosopem Bio-Rad. Jako vstup slouží dva soubory v nativním formátu konfokálního mikroskopu a výsledkem je jeden soubor z nich složený. Optimalizace navázání řezů využívá automatické algoritmy založené na minimalizaci absolutních hodnot rozdílu mezi následujícími vrstvami řezů nebo maximalizaci normalizovaného korelačního koeficientu, příp. vzájemné informační funkce mezi následujícími vrstvami serií
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0161052