Processed pseudogenes of human endogenous retroviruses generated by LINEs: their integration, stability, and distribution

0108987 - UMG-J 20043209 RIV US eng J - Journal Article
Pavlíček, Adam - Pačes, Jan - Elleder, Daniel - Hejnar, Jiří
Processed pseudogenes of human endogenous retroviruses generated by LINEs: their integration, stability, and distribution.
[Procesované pseudogeny lidských endogenních retrovirů generovaných LINE: jejich integrace, stabilita a distribuce.]
Genome Research. Roč. 12, č. 3 (2002), s. 391-399. ISSN 1088-9051. E-ISSN 1549-5469
R&D Projects: GA ČR GA204/01/0632; GA MŠMT(CZ) LN00A079
Institutional research plan: CEZ:AV0Z5052915
Keywords : pseudogenes * HERV * LINE
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 9.863, year: 2002

We report here the presence of numerous processed pseudogenes derived from the W family of endogenous retroviruses in the human genome. These pseudogenes are structurally colinear with the retroviral mRNA followed by a poly(A) tail. Our analysis of insertion sites of HERV-W processed pseudogenes shows a strong preference for the insertion motif of long interspersed nuclear element (LINE) retrotransposons. The genomic distribution, stability during evolution, and frequent truncations at the 5´ end resemble those of the pseudogenes generated by LINEs. We therefore suggest that HERV-W processed pseudogenes arose by multiple and independent LINE-mediated retrotransposition of retroviral mRNA. These data document that the majority of HERV-W copies are actually nontranscribed promoterless pseudogenes. The current search for HERV-Ws associated with several human diseases should concentrate on a small subset of transcriptionally competent elements

Popisujeme zde přítomnost řady procesovaných pseudogenů odvozených z rodiny W endogenních retrovirů v lidském genomu. Tyto pseudogeny jsou strukturně kolineární, s retrovirovou mRNA ukončenou poly(A). Naše analýza inzerčních míst procesovaných pseudogenů HERV-W ukazuje silnou preferenci pro inzerční motiv retrotranspozonů LINE. Distribuce v genomu, stabilita během evoluce a časté zkracování na 5´-konci připomínají podobné jevy u pseudogenů generovaných LINE. Domníváme se proto, že procesované pseudogeny HERV-W vznikly mnohonásobnou a nezávislou retrotranspozicí retrovirové mRNA zprostředkovanou LINE. Tyto údaje ukazují, že většina kopií HERV-W ve skutečnosti představuje netranskribované pseudogeny bez promotorů. Současné hledání HERV-W spojených s různými lidskými chorobami by se mělo soustředit na malou podskupinu transkripčně kompetentních elementů
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0016101