0104620 - BFU-R 20043002 RIV US eng J - Journal Article
Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Štefl, R. - Koča, J. - Cheatham III, T. E. - Šponer, Jiří
Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations.
[Simulace smyček guaninových kvadruplexů pomocí molekulové dynamiky: pokroky a omezení silových polí.]
Biophysical Journal. Roč. 87, č. 1 (2004), s. 227-242. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
R&D Projects: GA MŠMT LN00A016
Grant - others:Wellcome Trust(GB) GR067507MF
Institutional research plan: CEZ:AV0Z5004920
Keywords : quanine quadruplex * four-thymidine loop * locally enhanced sampling
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.585, year: 2004

A computational analysis of d(GGGGTTTTGGGG)2 guanine quadruplexes containing either lateral or diagonal four-thymidine loops was carried out using MD simulations in explicit solvent, LES simulations, systematic conformational search, and MM-PBSA calculations with explicit inclusion of monovalent cations. The study provides a qualitatively complete analysis of the available loop conformational space.

Počítačová analýza guaninových kvadruplexů d(GGGGTTTTGGGG)2 obsahujících jak laterální, tak diagonální čtyřtyminové smyčky, byla provedena pomocí MD simulací v přítomnosti explicitního solventu, LES simulací, systematického konformačního prohledávání a MM-PBSA výpočtů se zahrnutím monovalentních iontů. Studie poskytla kvalitativně kompletní analýzu dostupného konformačního prostoru smyček.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0011886