Detection of novel quantitative trait loci for cutaneous melanoma by genome-wide scan in the MeLiM swine model

0089107 - ÚŽFG 2008 RIV DE eng J - Journal Article
Du, Z. Q. - Vincent-Naulleau, S. - Gilbert, H. - Vignoles, F. - Créchet, F. - Shimogiri, T. - Yasue, H. - Leplat, J. J. - Bouet, S. - Gruand, J. - Horák, Vratislav - Milan, D. - Le Roy, P. - Geffrotin, C.
Detection of novel quantitative trait loci for cutaneous melanoma by genome-wide scan in the MeLiM swine model.
[Detekce nových lokusů kvantitativních znaků pro kožní melanom u prasečího modelu MeLiM. pomocí analýzy genomu.]
International Journal of Cancer. Roč. 120, - (2006), s. 303-320. ISSN 0020-7136. E-ISSN 1097-0215
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50450515
Keywords : swine melanoma * quantitative trait loci * MC1R
Subject RIV: FD - Oncology ; Hematology
Impact factor: 4.693, year: 2006

Human cutaneous melanoma is a complex trait inherited in about 10% of cases. Although two high-risk genes (CDKN2A and CDK4) and one low-risk gene (MC1R) have been identified, further susceptibility genes remain to be discovered. The MeLiM strain of miniature pigs with hereditary melanoma can serve as a suitable animal model for this human multigenic disease. New genomic regions linked to melanoma were determined using quantitative trait loci (QTL) mapping method applied to a significant genome-wide scan in the MeLiM strain. Highly significant QTLs corresponding to the development of melanoma were revealed on SSC 10 (Sus scofa chromosome 10) (ulceration), on SSC 12 (presence of melanoma at birth), on SSC 13 (lesion type), and on SSC 16 and SSC 17 (number of aggressive melanomas). Moreover, MC1R-2 allele, which determines black coat colour in pigs, predisposes significantly to melanoma. Interactions were observed between MC1R and markers located on SSC 1. Comparative mapping revealed human regions of interest to search for new melanoma susceptibility candidate genes.

Lidský kožní melanom je komplexní znak dědičný asi u 10% případů. Přestože byly identifikovány dva vysoce rizikové geny (CDKN2A a CDK4) a jeden nízko rizikový gen (MC1R), zbývá odhalit další susceptibilitní geny. Miniaturní prasata linie MeLiM s dědičným melanomem mohou sloužit jako vhodný zvířecí model pro toto lidské multigenní onemocnění. Pomocí metody mapování lokusů řídících kvantitativní znaky (QTL) aplikované na analýzu rozsáhlé části genomu u miniprasat linie MeLiM byly nalezeny nové genomové oblasti spojené s melanomem. Vysoce průkazné QTLs odpovídající vývoji melanomu byly odhaleny na SSC 10 (Sus scrofa chromosome 10 – prasečí chromosom 10) (ulcerace), na SSC 12 (přítomnost melanomu při narození), na SSC 13 (typ lézí) a na SSC 16 a SSC 17 (počet agresivních melanomů). Navíc alela MC1R-2, která určuje černé zbarvení těla u prasat, souvisí s výraznou predispozici k melanomu. Byly pozorovány interakce mezi MC1R a markery na SSC 1. Srovnávací mapování odhalilo v lidském genomu oblasti, které by mohly být zajímavé pro hledání nových kandidátních genů zodpovědných za vznik lidského melanomu.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0150442