Factors influencing DNA expansion in the course of polymerase chain reaction

0080841 - BFÚ 2007 RIV US eng J - Journal Article
Vondrušková, Jitka - Pařízková, Naďa - Kypr, Jaroslav
Factors influencing DNA expansion in the course of polymerase chain reaction.
[Faktory ovlivňující expanzi DNA během polymerázové řetězové reakce.]
Nucleosides Nucleotides & Nucleic Acids. Roč. 26, č. 1 (2007), s. 65-82. ISSN 1525-7770. E-ISSN 1532-2335
R&D Projects: GA MZd(CZ) NM7634
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040702
Keywords : DNA expansion * PCR * microsatellites
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 0.723, year: 2007

We performed more than 3,500 PCRs under various conditions with more than 400 DNA fragments of 4-150 nucleotides in length. We found out that repetitiveness of the primary structure was mostly found to be necessary but not sufficient for the expansion. (A+T)-rich fragments expand better than (G+C)-rich ones and pyrimidine-rich fragments expand better than purine-rich fragments. Terminal nucleotides and the fragment length also are important for the expansion. examples are presented when relatively small alterations of the DNA primary structure caused a dramatic change in the expansion. The present work has implications for pathological expansions of microsatellites in the human genome as well as regarding the genome evolution in general.

Provedli jsme více než 3500 PCR experimentů za různých podmínek s více než 400 fragmenty DNA o délce 4 - 150 nukleotidů. Zjistili jsme, že pro expanzi se zdá být nutné avšak ne dostačující opakování primární struktury. Dále jsme zjistili, že se (A+T) bohaté fragmenty prodlužují lépe než (G+C) bohaté fragmenty a že fragmenty bohaté na pyrimidinové báze se prodlužují lépe než fragmenty bohaté na purinové báze. Dalším důležitým faktorem pro expanzi je délka fragmentu a koncové nukleotidy. Jsou uváděny příklady, kdy relativně malá změna primární struktury způsobuje dramatické změny v expanzi. Tato práce má význam pro patologické prodlužování mikrosatelitů v lidském genomu stejně jako se týká genomové evoluce obecně.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0144892