The Trypanosoma brucei La protein is a candidate poly(U) shield that impacts spliced leader RNA maturation and tRNA intron removal

0023737 - PAU-O 2006 RIV AU eng J - Journal Article
Trantírková, Silvie - Paris, Zdeněk - Sturm, N. R. - Campbell, D. A. - Lukeš, Julius
The Trypanosoma brucei La protein is a candidate poly(U) shield that impacts spliced leader RNA maturation and tRNA intron removal.
[La protein Trypanosoma brucei je kandidátní poly(U) chránící protein, který ovlivňuje zrání spliced leader RNA a odstranění intronu z tRNA.]
International Journal for Parasitology. Roč. 35, č. 4 (2005), s. 359-366. ISSN 0020-7519. E-ISSN 1879-0135
R&D Projects: GA AV ČR IAA5022302
Grant - others:NIH(US) AI34536; NIH(US) AI056034
Institutional research plan: CEZ:AV0Z60220518
Keywords : splicing * Trypanosoma * RNA interference
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 3.346, year: 2005

By virtue of its preferential binding to poly(U) tails on small RNA precursors and nuclear localisation motif, the La protein has been implicated for a role in the stabilisation and nuclear retention of processing intermediates for a variety of small RNAs in eukaryotic cells. La protein was targeted for selective knockdown by inducible RNA interference in Trypanosoma brucei. In the relative absence of La protein T. brucei cells were not viable, in contrast to La gene knockouts in yeast. A variety of potential small RNA substrates were examined under induction, including spliced leader RNA, spliced leader associated RNA, the U1, U2, U4, and U6 small nuclear RNAs, 5S ribosomal RNA, U3 small nucleolar RNA, and tRNA^Tyr. This study indicates that La protein binding is not essential for maturation of the spliced leader RNA, but does not rule out the presence of an alternative processing pathway that could compensate for the absence of normally-associated La protein.

Vzhledem k jeho preferenční vazbě k poly(U) konci malých RNA molekul se předpokládalo, že má La protein funkci při stabilizaci a jaderné retenci pro řadu malých RNA v eukaryotické buňce. Metodou indukovatelné interference RNA byl La protein u Trypanosoma brucei selektivně vypnut. Nedostatek La proteinu vedl, na rozdíl od kvasinek, k úhynu buněk T. brucei. Byla analyzována řada malých RNA substrátů, včetně spliced leader RNA, U1, U2, U4, a U6 malých jaderných RNA, 5S ribosomální RNA, U3 malé jadérkové RNA a tRNA^Tyr. Žádná z těchto molekul nevykazovala rozdíly ve velikosti a četnosti, ačkoli byly při nedostatku La proteinu pozorovány zkrácené verze spliced leader RNA a intronu tRNA^Tyr. Tato studie ukázala, že La protein není esenciální pro zrání spliced leader RNA, ale nevylučuje přítomnost alternativní dráhy, která by kompenzovala ztrátu La proteinu.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0112327