MDBASE – program package for automated processing of multiple datasets

0580474 - ÚMCH 2024 RIV CZ eng L4 - Software
Šlouf, Miroslav
MDBASE – program package for automated processing of multiple datasets.
Internal code: MDBASE ; 2023
Technical parameters: MDBASE je distribuován jako standardizovaný rozšiřující balík programovacího jazyku Python s otevřeným zdrojovým kódem. Kompletní technický popis výsledku je uveden přímo na oficiálních www-stránkách balíku (Python Package Index, https://pypi.org/project/mdbase). WWW-stránky obsahují mj. základní popis programu, pokyny pro instalaci a odkazy na další volně stažitelné materiály (ukázkové příklady včetně testovacích dat, podrobnější dokumentaci i detailní popis jednotlivých funkcí). Vše s dodržením obvyklých standardů, takže každý uživatel si může balík stáhnout a okamžitě použít.
Economic parameters: Programový balík MDBASE (multiple database processing) zajišťuje snadné propojení více databází s experimentálními i popisnými daty. Databáze mohou být libovolné XLSX soubory, které mají libovolné množství listů se stejnou strukturou, tj. se stejně pojmenovanými sloupci. Pokud je databází více a často se mění, je opakované ruční propojování a aktualizace dat velmi pracné a náchylné k chybám. Pomocí balíku MDBASE lze databáze propojit rychle a bezchybně, což vede ke značné úspoře času. MDBASE navíc umí propojená data rychle a pohodlně statisticky vyhodnocovat. Předpřipravené analýzy lze opakovaně spouštět při každé aktualizaci libovolného datového zdroje, což je podstatnou výhodou při spolupráci více týmů, kdy každý tým může nezávisle aktualizovat svůj vlastní XLSX soubor a průběžné kontrolovat celkové výsledky.
R&D Projects: GA MZd(CZ) NU21-06-00084
Institutional support: RVO:61389013
Keywords : Processing of multiple spectra * automatic peak integration * UHMWPE for total joint replacements
OECD category: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://pypi.org/project/mdbase

MDBASE program package can merge similar databases containing both experimental data and text descriptions. The similar databases can be arbitrary XLSX files with arbitrary number of sheets that have similar structure, i.e. the columns with the same names. The complete documentation of MDBASE is given on the package website (https://pypi.org/project/mdbase). MDBASE software was originally developed within the Czech-Italian-Spanish project, in which we collected, combined and processed orthopedic and experimental data concerning failures of total joint replacements with UHMWPE polymer liners. As the data came from the three countries, the fast, automated, reliable and reproducible data merging and processing was necessary for efficient collaboration. Nevertheless, current version of MDBASE universal, applicable to arbitrary set of mutually similar datasets. MPINT is distributed as a standard open-source Python package.
Permanent Link: https://hdl.handle.net/11104/0349259