Proteomická analýza srdeční tkáně postižené amyloidózou. Porovnání výsledků analýzy řezů ze zmražené tkáně a vzorků fixovaných formaldehydem (FFPE)

0576364 - ÚOCHB 2024 RIV CZ cze A - Abstract
Meledina, Alena - Korecký, Michal - Květoň, M. - Fabián, O. - Kubánek, M. - Melenovský, V. - Cvačka, Josef - Hubálek, Martin
Proteomická analýza srdeční tkáně postižené amyloidózou. Porovnání výsledků analýzy řezů ze zmražené tkáně a vzorků fixovaných formaldehydem (FFPE).
[Proteomic analysis of heart tissue affected by amyloidosis. Comparison of analysis results of frozen tissue sections and formaldehyde-fixed samples (FFPE).]
Abstrakty přednášek v sekci Mládí vpřed a plakátových sdělení 24. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie. Brno: Spektroskopická společnost Jana Marka Marci, 2023 - (Cvačka, J.; Vrkoslav, V.; Hubálek, M.; Vlk, M.). s. 27. ISBN 978-80-88195-43-6.
[Škola hmotnostní spektrometrie /24./. 11.09.2023-15.09.2023, Milovy]
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5104
Institutional support: RVO:61388963
Keywords : proteomic analysis * amyloidosis * native frozen samples * FFPE
OECD category: Analytical chemistry
https://lcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/abstrakty_sbornik_final_2023_3640c3638d/abstrakty_sbornik_final_2023.pdf

Amyloidóza je heterogenní infiltrativní onemocnění charakterizované ukládáním nerozpustných forem proteinů (amyloidů) v extracelulárních prostorech různých tkání. Může být součástí systémového amyloidového onemocnění nebo se rozvinout samostatně. Doposud bylo objeveno 36 různých forem proteinových depozic. Infiltrace a depozice může probíhat i v myokardu. Nejčastějšími typy v srdeční tkáni jsou AL a TTR amyloidóza. První varianta je způsobená depozicí monoklonálního kappa nebo lambda lehkého řetězce protilátek. TTR amyloidózu způsobuje depozice proteinu transthyretinu. Pro diagnostiku tohoto onemocnění je důležitá typizace. Proteomické techniky umožňují citlivou charakterizaci postižené tkáně a určení proteinu, který amyloidy tvoří. To je podstatné pro následnou terapii.
Materiálem pro proteomickou analýzu jsou vzorky endomyokardiálních biopsií, které mohou být zpracovány ve formě nativních mražených vzorků nebo řezů z formaldehydem fixovaných tkání (FFPE). V obou případech se jedná o nedostatkové vzorky, které mohou být použity pro zpracovány pomocí histologických nebo jiných technik. Z toho důvodu je důležité používat minimální množství vzorků pro správnou typizaci onemocnění.
V naší studii zpracováváme oba typy vzorků vhodnými proteomickými metodami. V případě vzorků ze zmražené tkáně používáme metodu štěpení proteinů na filtru (eFASP). Pro zpracování vzorků FFPE používáme metodiku se zapojením detergentu RapiGest. Obě metodiky identifikují ve vzorcích srdeční tkáně proteiny a obě metody dokáží zachytit proteiny, které amyloid mohou způsobit.


Amyloidosis is a heterogeneous infiltrative disease characterized by the deposition of insoluble protein forms (amyloids) in the extracellular spaces of various tissues. It can be part of systemic amyloidosis or develop independently. So far, 36 different forms of protein deposition have been discovered. Infiltration and deposition can also occur in the myocardium. The most common types in cardiac tissue are AL and TTR amyloidosis. The former variant is caused by the deposition of a monoclonal kappa or lambda light chain of antibodies. TTR amyloidosis is caused by the deposition of the transthyretin protein. Typing is important for diagnosing this condition. Proteomic techniques allow sensitive characterization of affected tissue and determination of the protein that forms amyloids. This is essential for subsequent therapy.
The material for proteomic analysis consists of samples from endomyocardial biopsies, which can be processed in the form of native frozen samples or sections from formalin-fixed paraffin-embedded tissues (FFPE). In both cases, these are limited samples that can be processed using histological or other techniques. Therefore, it is important to use minimal sample amounts for accurate disease typing.
In our study, we process both types of samples using suitable proteomic methods. For samples from frozen tissue, we use the protein digestion method on a filter (eFASP). For processing FFPE samples, we use a methodology involving the detergent RapiGest. Both methodologies identify proteins in cardiac tissue samples, and both methods can capture proteins that may cause amyloidosis.

Permanent Link: https://hdl.handle.net/11104/0345935